Construction of pCMV- myd88 and pCMV- traf6 Eukaryotic Expression Vectors in Zebrafish ( Danio rerio )
Notice bibliographique
Résumé
Both myeloid differentiation primary response gene 88 (MyD88) and TNF receptor associated factor 6 (TRAF6) are key adaptor molecules in the Toll-like receptors family (TLR). Zebrafish is a unique model organism for studying the innate immune response. In order to construct eukaryotic expression vectors of MyD88 and TRAF6, and use them to study the immune response mechanism, we cloned the full-length CDS sequence of the coding region of zebrafish myd88 and traf6 genes in this study. The full length of zebrafish myd88 and traf6 gene CDS is 855bp and 1629bp, respectively. Structural analysis showed that there are two conserved domains of zebrafish MyD88 including DD domain and TIR domain; four conserved domains of TRAF6 including RING domain, two zf domains, coiled-coil and MATH. And they have high amino acid sequence identity with other species. Phylogenetic tree analysis found that the zebrafish myd88 or traf6 gene has high structural homology and closely related to teleost fish, indicating that they are consistent with their evolutionary status. Then the CDS sequence of myd88 and traf6 genes were constructed to the expression vector of pCMV-Tag2B. Zebrafish pCMV-myd88 and pCMV-traf6 eukaryotic expression vectors were successfully cloned by double enzyme digestion. In order to verify the biological function of these two eukaryotic expression vectors, we performed NF-κB reporter gene verification in HEK293T cell. After overexpression of myd88 and traf6 gene, the transcriptional activity of nfκb1 in zebrafish NF-κB family is significantly increased, about 2.5 and 8 times, respectively, contract to that of the control group. In view of the important role of MyD88 and TRAF6 in innate immune function, our results provide a powerful research tool for the future study on the innate immune signal transduction process of zebrafish.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».