<i>Serratia marcescens</i> SCH909 as reservoir and source of genetic elements related to wide dissemination of antimicrobial resistance mechanisms
Notice bibliographique
Résumé
Serratia marcescens SCH909 is a multidrug resistant strain isolated in 1988 harboring three class 1 integrons. We wondered if these integrons were retained over time and if there were other antimicrobial resistant determinants contributing to its multidrug resistant profile. Genomic analysis showed a fourth multidrug resistance integron, a Tn7 transposon with dfrA1-sat2-ybeA-ybfA-ybfB-ybgA gene cassettes in the variable region. Insertion sequences were involved in the genesis of novel composite transposons in the L4 subtype plasmid pSCH909, such as Tn6824 carrying an arsenic regulon and two head to head class 1 integrons surrounded by two complete IS1. Remarkably, a novel chromosomal genomic island, SmaR, was identified, closely related to Multiple Antimicrobial Resistance Regions (MARR), usually found in AbaR0-type and AbGRI2-0 from global clones of Acinetobacter baumannii, and in M-type plasmids circulating in Enterobacteriaceae. Maintenance studies showed that the three class 1 integrons were maintained over 1 month without antimicrobial pressure. Since S. marcescens is considered a relevant nosocomial pathogen that can have a wide range of niches - human, plant, animal, soil and inanimate surfaces, our findings support the ability of this species to capture, maintain and spread a broad variety of antimicrobial resistance elements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».