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Enregistrement W3181281923 · doi:10.1101/2021.07.03.450931

Accurate Automatic Glioma Segmentation in Brain MRI images Based on CapsNet

2021· preprint· en· W3181281923 sur OpenAlexaff
Maryam Jalili Aziz, Amin Amiri Tehrani Zade, Parastoo Farnia, M. Alimohamadi, Bahador Makkiabadi, Alireza Ahmadian, Javad Alirezaie

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueBrain Tumor Detection and Classification
Établissements canadiensToronto Metropolitan University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésComputer scienceConvolutional neural networkArtificial intelligenceSegmentationPattern recognition (psychology)Similarity (geometry)Artificial neural networkDeep learningGliomaDiceSørensen–Dice coefficientImage segmentationImage (mathematics)Computer visionMathematics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Glioma is a highly invasive type of brain tumor with an irregular morphology and blurred infiltrative borders that may affect different parts of the brain. Therefore, it is a challenging task to identify the exact boundaries of the tumor in an MR image. In recent years, deep learning-based Convolutional Neural Networks (CNNs) have gained popularity in the field of image processing and have been utilized for accurate image segmentation in medical applications. However, due to the inherent constraints of CNNs, tens of thousands of images are required for training, and collecting and annotating such a large number of images poses a serious challenge for their practical implementation. Here, for the first time, we have optimized a network based on the capsule neural network called SegCaps, to achieve accurate glioma segmentation on MR images. We have compared our results with a similar experiment conducted using the commonly utilized U-Net. Both experiments were performed on the BraTS2020 challenging dataset. For U-Net, network training was performed on the entire dataset, whereas a subset containing only 20% of the whole dataset was used for the SegCaps. To evaluate the results of our proposed method, the Dice Similarity Coefficient (DSC) was used. SegCaps and U-Net reached DSC of 87.96% and 85.56% on glioma tumor core segmentation, respectively. The SegCaps uses convolutional layers as the basic components and has the intrinsic capability to generalize novel viewpoints. The network learns the spatial relationship between features using dynamic routing of capsules. These capabilities of the capsule neural network have led to a 3% improvement in results of glioma segmentation with fewer data while it contains 95.4% fewer parameters than U-Net.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,118
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,232 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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