Bacterial type 1A topoisomerases maintain the stability of the genome by preventing and dealing with R-loop-and nucleotide excision repair-dependent topological stress
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT E. coli type 1A topoisomerases (topos), topo I ( topA ) and topo III ( topB ) have both relaxation and decatenation activities. B. subtilis and E. coli topA topB null cells can survive owing to DNA amplifications allowing overproduction of topo IV, the main cellular decatenase that can also relax supercoiling. We show that overproducing human topo IB, a relaxase but not a decatenase, can substitute for topo IV in allowing E. coli topA null but not topA topB null cells to survive. Deleting topB exacerbates phenotypes of topA null mutants including hypernegative supercoiling, R-loop formation, and RNase HI-sensitive replication, phenotypes that are not corrected by topo IV overproduction. These phenotypes lead to Ter DNA amplification causing a chromosome segregation defect that is corrected by topo IV overproduction. Furthermore, topA topB null mutants not overproducing topo IV acquire uvrB or uvrC mutations, revealing a nucleotide excision repair (NER)-dependent problem with replication fork progression. Thus, type IA topos maintain the stability of the genome by providing essential relaxase and decatenase activities to prevent and solve topological stress related to R-loops and NER. Moreover, excess R-loop formation is well tolerated in cells that have enough topoisomerase activity to support the subsequent replication-related topological stress.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».