Abstract 2450: A systemic approach to decipher the interactome of RET receptor isoforms
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The REarranged during Transfection (RET) receptor tyrosine kinase is pivotal for normal tissue development, but is also an oncogene driver involved in several human cancers. Alternative splicing at the 3' end of the RET gene leads to expression of two conserved protein isoforms, RET9 and RET51, that differ in their subcellular localization and protein trafficking, as well as their functional roles in tumorigenesis and metastatic processes. Importantly, RET9 and RET51 have unique C-terminal phospho-tyrosine binding sites, suggesting that they may also differ in their interactomes. We used a combination of cell-based screening and in silico approaches to identify novel potential interaction partners of RET isoforms. We performed a Mammalian Membrane Two-Hybrid (MaMTH) screen using a library of SH2 domain-containing adaptor and signaling proteins, to identify interactions with each RET isoform. We complemented these studies by using sequence homology detection models (HMM, PSSM), based on SH2 domain sequences known to interact with RET, to rank the SH2 library members and predict novel interactions. Independently, we compared published consensus binding sequences for each SH2 domain library member with predicted RET phosphotyrosine motifs to identify potential interactors. Predicted interactions were validated in co-immunoprecipitation assays. We confirmed previously known interactions of RET with SH2 domain proteins including SHC1, GRB2 and GRB10, and identified additional novel RET-binding proteins, a subset of which showed differential interactions that were mediated through RET isoform-specific docking sites. Our results suggest that combinations of distinct interaction partners may contribute to RET isoform-specific functions. Together, our research has developed a systematic approach to map and characterize RET isoform interactions. Our data suggest that no single method identified all confirmed RET interactions, and that a combination of multiple approaches improves characterization of growth factor receptor interactomes. Citation Format: Samira Kheitan, Annika E. Pedersen, Brandy D. Hyndman, Luka Drecun, Punit Saraon, Igor Stagliar, Lois M. Mulligan. A systemic approach to decipher the interactome of RET receptor isoforms [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2021; 2021 Apr 10-15 and May 17-21. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2021;81(13_Suppl):Abstract nr 2450.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».