Abstract 2415: The role of GTSF1 as a regulator of retrotransposons and its impact on carcinogenesis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Hypomethylation of repetitive sequences is a common feature reported in cancer, particularly of retrotransposon elements. Retrotransposon elements can be deleterious due to their potential as insertional mutagens, so cells have deployed several control mechanisms to silence them through methylation of DNA. These methylation pathways are different between somatic and germline cells. In germline cells, the piRNA pathway is the main process responsible for silencing the retrotransposon LINE-1. GTSF1 is germline cell specific and an important part of this pathway. Along with PIWI proteins in the piRNA pathway, GTSF1 processes small RNA molecules and identifies active retrotransposons, recruiting the DNA methylation machinery to those sites. Aberrant expression of GTSF1 has been reported in cancer, particularly on lymphomas. We performed a Bayesian Analysis and Markov Chain Monte Carlo Method with GTSF1 levels of expression reported on The Cancer Genome Atlas (TCGA), which confirmed high levels of mRNA in lymphomas. Nonetheless, the role of GTSF1 in retrotransposon control in cancer and in carcinogenesis remains unknown. To address this issue, we have performed shRNA mediated knockdown in head and neck squamous cell carcinoma and cutaneous T-cell lymphoma cell lines, and we have overexpressed the cDNA of GTSF1 in immortalized keratinocytes. We evaluated the impact of the knockdown and overexpression on cell biology, retrotransposons, and genomic instability. Overall, GTSF1 expression seems to affect LINE-1 retrotransposon protein expression and function. Also, we are assessing the impact on genomic instability and methylation profiles. The aberrant expression of this gene poses an excellent clinical opportunity for targeted therapy development. Its germline cell restricted expression will potentially result in less secondary effects than current available therapies. Citation Format: Amelia Martínez Villarreal, Jennifer Gantchev, Ivan Litvinov. The role of GTSF1 as a regulator of retrotransposons and its impact on carcinogenesis [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2021; 2021 Apr 10-15 and May 17-21. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2021;81(13_Suppl):Abstract nr 2415.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».