Abstract 3147: Stereotactic image-guided epigenome profiling reveals a neural stem cell evolutionary origin of diffuse gliomas
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Diffuse gliomas are malignant neoplasms originating in the parenchyma of the central nervous system whose cellular origin remains elusive. To determine the cellular and spatiotemporal origin of gliomas, we devised a three-dimensional reconstruction of tumor lineage. We used neuronavigation to acquire eight to twelve image-guided and spatially separated stereotactic biopsy samples from 16 adult patients with a diffuse glioma, which we characterized using DNA methylation arrays. A total of 133 samples were obtained from regions with and without imaging abnormalities. Methylation profiles were analyzed to construct phyloepigenetic trees and subsequently projected on 3D image-derived tumor maps. Lineage analysis of these evolutionary trees indicated that the sampled gliomas largely evolved stochastically, suggesting that critical tumor drivers were acquired early in time. These results were further validated using 102 multi-region samples from 24 independent patients. Patristic (evolutionary) and cartesian (spatial) distances between pairs of tumor samples from the same patient demonstrated strong correlations, suggesting that this information could be used to determine trajectories of tumor evolution. Evolutionary and spatial distance metrics were combined with histologically obtained and computationally quantified cellularity and proliferation rates to model the direction and magnitude of tumor growth. In order to relate tumor lineage to brain anatomy we mapped patient imaging to a reference space (Montreal Neurological Institute, MNI). Samples mapping to regions of white matter were earlier in tumor lineage when compared to samples mapping to regions of gray matter, suggesting that white matter involvement is an early feature of tumor development. Samples early in tumor lineage were located closer to the ventricles when compared with samples late in lineage, suggesting that tumors grow outward from the ventricular lining. Finally, we used a tumor probability map constructed using imaging from over 500 unrelated patients to associate lineage to tumor probability. Results from this analysis indicated that periventricular areas of high tumor probability coincided with samples early in tumor lineage and cortical areas of low tumor probability coincided with samples late in tumor lineage. Taken together, our phylogeographic analysis of tumor development supports a neural progenitor cell-of-origin model, where neural stem cells in the subventricular zone of the lateral ventricles give rise to mature tumors. Citation Format: Floris P. Barthel, Niels Verburg, Russell Rockne, Roelant Eijgelaar, Kevin Anderson, Domenique Müller, Sergio Branciamore, Kevin C. Johnson, Pieter Wesseling, Philip C. de Witt Hamer, Roel G. Verhaak. Stereotactic image-guided epigenome profiling reveals a neural stem cell evolutionary origin of diffuse gliomas [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2021; 2021 Apr 10-15 and May 17-21. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2021;81(13_Suppl):Abstract nr 3147.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».