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Enregistrement W3182556863 · doi:10.1038/s41436-021-01260-4

Biallelic variants in PCDHGC4 cause a novel neurodevelopmental syndrome with progressive microcephaly, seizures, and joint anomalies

2021· article· en· W3182556863 sur OpenAlexafffund
Reza Maroofian, Büşranur Çavdarlı, Florence Riccardi, Michael Field, Siddharth Banka, Dalal Bubshait, Yun Li, Jozef Hertecant, Shahid Mahmood Baig, David A. Dyment, Stéphanie Efthymiou, Uzma Abdullah, Ehtisham Ul Haq Makhdoom, Zafar Ali, Tobias Scherf de Almeida, Florence Molinari, Cécile Mignon‐Ravix, B. Chabrol, Jayne Antony, Lesley C. Adès, Alistair T. Pagnamenta, Adam Jackson, Sofia Douzgou, John C. Ambrose, Prabhu Arumugam, Marta Bleda, C. R. Boustred, Helen Brittain, Mark J. Caulfield, G. C. Chan, Tom Fowler, Adam Giess, Angela Hamblin, Shirley Henderson, Tim Hubbard, R. Jackson, J. Louise Jones, Dalia Kasperavičiūtė, Melis Kayikci, Athanasios Kousathanas, L. Lahnstein, S. E. A. Leigh, I. U. S. Leong, Fabrice Lopez, F. Maleady-Crowe, Loukas Moutsianas, Michael Mueller, Nirupa Murugaesu, Anna C. Need, Peter O’Donovan, Christopher A. Odhams, Christine Patch, D. Perez-Gil, Mariana Buongermino Pereira, J. Pullinger, T. Rahim, Augusto Rendon, T. Rogers, K. Savage, K. Sawant, Richard H. Scott, Afshan Siddiq, A. Sieghart, Samuel C. Smith, Alona Sosinsky, Alexander Stuckey, M. Tanguy, Ellen Thomas, Simon R. Thompson, Arianna Tucci, Elizabeth T. Walsh, M. J. Welland, Eric O. Williams, Katarzyna Witkowska, S. M. Wood, Christian Beetz, Vasiliki Karageorgou, Barbara Vona, Abolfazl Rad, Jamshaid Mahmood Baig, Tipu Sultan, Javeria Raza Alvi, Shazia Maqbool, Fatima Rahman, Mehran Beiraghi Toosi, Farah Ashrafzadeh, Shima Imannezhad, Ehsan Ghayoor Karimiani, Yasra Sarwar, Sheraz Khan, Muhammad Jameel, Angelika A. Noegel, Birgit Budde, Janine Altmüller, Susanne Motameny, Wolfgang Höhne, Henry Houlden, Peter Nürnberg, Bernd Wollnik, Laurent Villard, Fowzan S. Alkuraya, Matthew Osmond, Muhammad Sajid Hussain, Gökhan Yigit

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensChildren's Hospital of Eastern OntarioUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesCenter for Molecular Medicine Cologne, University of CologneMedizinischen Fakultät, Eberhard Karls Universität TübingenDepartment of Health and Social CareAtaxia UKMedical Research CouncilMinisterium für Wissenschaft, Forschung und Kunst Baden-WürttembergCanadian Institutes of Health ResearchHigher Education Commission, PakistanEberhard Karls Universität TübingenUniversität zu KölnEuropean CommissionWellcome TrustCancer Research UKUniversity College LondonGenome AlbertaDeutsche ForschungsgemeinschaftMuscular Dystrophy UKMuscular Dystrophy AssociationGenome British ColumbiaOntario Genomics InstituteGenome CanadaBrain Research UKGreat Ormond Street Hospital CharityNational Institute for Health and Care ResearchOntario Genomics
Mots-clésMicrocephalyMissense mutationGeneticsExome sequencingNeurodevelopmental disorderIntellectual disabilityBiologyGlobal developmental delayIn silicoExomeDisease gene identificationGenetic heterogeneityLoss functionMutationGenePhenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE: We aimed to define a novel autosomal recessive neurodevelopmental disorder, characterize its clinical features, and identify the underlying genetic cause for this condition. METHODS: We performed a detailed clinical characterization of 19 individuals from nine unrelated, consanguineous families with a neurodevelopmental disorder. We used genome/exome sequencing approaches, linkage and cosegregation analyses to identify disease-causing variants, and we performed three-dimensional molecular in silico analysis to predict causality of variants where applicable. RESULTS: -binding affinity, which is essential for multimerization of the protein, whereas the third missense variant directly influenced the cis-dimerization interface of PCDHGC4. CONCLUSION: We show that biallelic variants in PCDHGC4 are causing a novel autosomal recessive neurodevelopmental disorder and link PCDHGC4 as a member of the clustered PCDH family to a Mendelian disorder in humans.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,787
Score d'incertitude au seuil0,626

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,248
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations28
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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