Abstract 1485: Tumors with homologous recombination repair deficiency signatures associate with an RNAseq profile profile suggestive of T cell-inflammation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Despite remarkable responses in several cancer types, immune checkpoint blockade (ICB) remains ineffective against a subset of tumors, including those presently recalcitrant to conventional treatment modalities. Given the ubiquitous nature of genomic aberrations in cancer and the potential roles they have in eliciting an immune-mediated antitumor response, genomic predictors of T cell-inflammation may help segregate patients responsive to ICB. Tumors with homologous recombination repair deficiencies (HRD) exhibit hypermutation and may therefore potentially harbour a genetically favourable milieu to elicit an antitumor immune response. However, the exact role of HRD in antitumor immunity remains unclear. Given that HRD accounts for up to 10% of pancreatic cancers and a higher proportion in ovarian cancers, the use of ICB to treat HRD tumors has clinical implications. Our group has previously shown a signature of four chemokines associates with a T cell-inflamed phenotype in pancreatic cancer, but it remains unknown whether this association holds in other tumors, and how HRD tumors fall on this immune spectrum. Using matched genomic and transcriptomic data from TCGA, we sought to investigate whether the four-chemokine signature predicted a T cell-inflamed phenotype in 158 treatment-naïve primary ovarian cancers, another tumor type with poor survival and low response rates to ICB attributed in part to a lack of T cell-inflammation. As in pancreatic cancer, 4-chemokinehi tumors displayed a phenotype suggesting proper mounting of the cancer-immunity cycle, including increased expression of innate immune signaling pathways implicated in mediating T cell-inflammation in tumors, antigen presenting and T cell activation and inhibition, MHC I presentation, cytolytic activity, PDL1 and CTLA4 expression, and signatures predictive of response to ICB. Interestingly, tumors with COSMIC signature 3, predictive of HRD had increased expression of gene signatures associated with T cell-inflammation, including increased expression of the 4-chemokine signature. Taken together, these results further validate the 4-chemokine signature at predicting T cell-inflammation and suggest similar mechanisms driving T cell-inflammation remain consistent across different tumor types. Moreover, these data further suggest that homologous recombination repair deficiency may predispose tumors to a favourable milieu amenable to immunotherapies requiring T cell-inflammation. Understanding mediators of T cell-inflammation, both at cellular and genomic resolutions, may lead to improved predictors of response to current and novel immunotherapies and in turn improved patient outcomes for patients suffering from these diseases. Citation Format: Joan Miguel Romero, Alain Pacis, Rob E. Denroche, Gun Ho Jang, Barbara Grünwald, Yifan Wang, Steven Gallinger, George Zogopoulos. Tumors with homologous recombination repair deficiency signatures associate with an RNAseq profile profile suggestive of T cell-inflammation [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2021; 2021 Apr 10-15 and May 17-21. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2021;81(13_Suppl):Abstract nr 1485.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».