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Enregistrement W3183196700 · doi:10.1101/2021.07.20.453171

A newly identified group of P-like (PL) fimbriae from extra-intestinal pathogenic <i>Escherichia coli</i> (ExPEC) encode distinct adhesin subunits and mediate adherence to host cells

2021· preprint· en· W3183196700 sur OpenAlexafffund
Hajer Habouria, Hicham Bessaiah, Julie Buron, Sébastien Houle, Charles M. Dozois

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueBacteriophages and microbial interactions
Établissements canadiensInstitut National de la Recherche Scientifique
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaUniversité Paris-Est Créteil Val-de-Marne
Mots-clésFimbriaBacterial adhesinBiologyMicrobiologyPilusEscherichia coliGeneVirulenceEnterobacteriaceaeGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Fimbrial adhesins play a critical role for bacterial adherence and biofilm formation. Sequencing of avian pathogenic Escherichia coli (APEC) strain QT598 identified a fimbrial gene cluster belonging to the π group that we named PL (P-like) fimbriae, since genetic organization and sequence are similar to Pap and related fimbriae. Screening of genomic databases indicated that genes encoding PL fimbriae located on IncF plasmids are present in a diversity of E. coli isolates from poultry, human systemic infections, and other sources. As with P fimbriae, PL fimbriae exhibit sequence divergence in adhesin encoding genes, and strains could be divided into 5 classes based on differences in sequences of the PlfG adhesin protein. The plf genes from two predominant PlfG adhesin classes, PlfG-I and PlfG-II were cloned. PL fimbriae were visualized by electron microscopy, promoted biofilm formation, demonstrated distinct hemagglutination profiles and promoted adherence to human bladder and kidney epithelial cell lines. Hybrid fimbriae comprised of genes from plf QT598 wherein plfG was replaced by papG encoding adhesin genes were also shown to be functional and mediate adherence to epithelial cells, further indicating similarity and functional compatibility between these two types of fimbriae. Although deletion of plf genes did not significantly reduce colonization of the mouse urinary tract, plf gene expression was increased over 40-fold in the bladder compared to during in vitro culture. Overall, PL fimbriae represent a new group of fimbriae demonstrating both functional differences and similarities to P fimbriae and may contribute to adherence to cells and colonization of host tissues. Importance Fimbriae are important colonization factors in many bacterial species. The identification of a new type of fimbriae encoded on some IncF plasmids in E. coli was investigated. Genomic sequences demonstrated these fimbrial gene clusters have genetic diversity, particularly in the adhesin encoding PlfG gene. Functional studies demonstrated differences in hemagglutination specificity, although both types of Plf adhesin under study mediated adherence to human urinary epithelial cells. Such fimbriae may represent previously unrecognized adhesins that could contribute to host specificity and tissue tropism of some E. coli strains.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,210
Écart entre enseignants0,196 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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