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Enregistrement W3183401337 · doi:10.1016/j.mex.2021.101473

A bioengineering method for modeling alveolar Rhabdomyosarcoma and assessing chemotherapy responses

2021· article· en· W3183401337 sur OpenAlexafffund
Evan Stefanek, Ehsan Samiei, Mahboubeh Kavoosi, Mohammad Esmaeillou, Kiarash Roustai Geraylow, Arya Emami, Milad Ashrafizadeh, David Perrin, Joseph W. Gordon, Mohsen Akbari, Saeid Ghavami

Notice bibliographique

RevueMethodsX · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSarcoma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensResearch Institute in Oncology and HematologyChildren's Hospital Research Institute of ManitobaCancerCare ManitobaYork UniversityUniversity of ManitobaUniversity of Victoria
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanada Foundation for Innovation
Mots-clésRhabdomyosarcomaIn vivoAlveolar rhabdomyosarcomaChemotherapyAutophagyApoptosisExtracellular matrixCytotoxicityIn vitroCell culture3d modelCancer researchMedicineBiomedical engineeringMaterials sciencePathologyChemistryComputer scienceCell biologyBiologySurgerySarcoma

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Rhabdomyosarcoma (RMS) is the most common pediatric soft-tissue malignant tumor. Treatment of RMS usually includes primary tumor resection along with systemic chemotherapy. Two-dimensional (2D) cell culture systems and animal models have been extensively used for investigating the potential efficacy of new RMS treatments. However, RMS cells behave differently in 2D culture than in vivo, which has recently inspired the adoption of three-dimensional (3D) culture environments. In the current paper, we will describe the detailed methodology we have developed for fabricating a 3D engineered model to study alveolar RMS (ARMS) in vitro. This model consists of a thermally cross-linked collagen disk laden with RMS cells that mimics the structural and bio-chemical aspects of the tumor extracellular matrix (ECM). This process is highly reproducible and produces a 3D engineered model that can be used to analyze the cytotoxicity and autophagy induction of drugs on ARMS cells. The most improtant bullet points are as following:•We fabricated 3D model of ARMS.•The current ARMS 3D model can be used for screening of chemotherapy drugs.•We developed methods to detect apoptosis and autophagy in ARMS 3D model to detect the mechansims of chemotherapy agents.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,077
Tête enseignante GPT0,417
Écart entre enseignants0,339 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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