MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3183767641 · doi:10.14288/ujemi.v25i.193262

Glycine Betaine synthesis and transport Proteins, BetTIBA and ProPU, in Escherichia coli K12 do not confer Resistance to SDS-EDTA induced Outer Membrane Stress

2020· article· en· W3183767641 sur OpenAlexaff
Timothy Chui, Wayne Kim, Amin Shahali Ramsheh, Cindy Yang

Notice bibliographique

RevueOpen Collections · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAmino Acid Enzymes and Metabolism
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBetaineOsmoprotectantOsmolyteBacterial outer membraneEscherichia coliBiochemistryOsmotic shockGlycineBiologyPeriplasmic spaceMutantOperonChemistryProlineAmino acidGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Glycine betaine is a small organic molecule derived from choline that acts as an osmoprotectant in Escherichia coli responsible for providing cellular stability during environmental stress. It is synthesized by biosynthetic proteins encoded in the betTIBA operon and transported in and out of the cell by the ProP and ProU transporters. Among its various functions, it is also known to protect the cell against abiotic stress factors by acting as a chemical chaperone to prevent protein denaturation. Knowing that glycine betaine can perform a myriad of functions, we were interested in determining whether this osmolyte confers resistance to outer membrane stress in E. coli. Here, we attempted to determine if E. coli that is unable to synthesize glycine betaine, due to a betTIBA deletion and/or proPU deletion, would affect cell susceptibility to SDS-EDTA induced outer membrane stress by assessing cell viability. Cell viability was measured by determining growth of the wild-type, ΔbetTIBA, and ΔbetTIBAΔproPU mutants over a 16-hour period through OD600 readings using the EpochTM Microplate Spectrophotometer (Biotek). Results from growth assays under SDS-EDTA conditions showed that betTIBA and proPU deletions resulted in decreased susceptibility to SDS-EDTA relative to the no SDS control. The results suggest that glycine betaine does not contribute to protecting the outer membrane from stress factors such as SDS and EDTA.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,194
Score d'incertitude au seuil0,726

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,239
Écart entre enseignants0,223 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueOpen CollectionsMême sujetAmino Acid Enzymes and MetabolismTravaux en français237 207