Collaboration Between Host and Viral Factors Shape SARS-CoV-2 Evolution
Notice bibliographique
Résumé
Abstract SARS-CoV-2 continues to evolve, resulting in several ‘variants of concern’ with novel properties. The factors driving SARS-CoV-2 fitness and evolution in the human respiratory tract remain poorly defined. Here, we provide evidence that both viral and host factors co-operate to shape SARS-CoV-2 genotypic and phenotypic change. Through viral whole-genome sequencing, we explored the evolution of two clinical isolates of SARS-CoV-2 during passage in unmodified Vero-derived cell lines and in parallel, in well-differentiated primary nasal epithelial cell (WD-PNEC) cultures. We identify a consistent, rich genetic diversity arising in vitro, variants of which could rapidly rise to near-fixation with 2 passages. Within isolates, SARS-CoV-2 evolution was dependent on host cells, with Vero-derived cells facilitating more profound genetic changes. However, most mutations were not shared between strains. Furthermore, comparison of both Vero-grown isolates on WD-PNECs disclosed marked growth attenuation mapping to the loss of the polybasic cleavage site (PBCS) in Spike while the strain with mutations in NSP12 (T293I), Spike (P812R) and a truncation of ORF7a remained viable in WD-PNECs. Our work highlights the significant genetic plasticity of SARS-CoV-2 while uncovering an influential role for collaboration between viral and host cell factors in shaping viral evolution and fitness in human respiratory epithelium.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».