Community eDNA metabarcoding as a detection tool for documenting freshwater mussel (Unionidae) species assemblages
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Documenting species occurrences and habitat occupancy of unionid mussels can often be challenging. Environmental DNA (eDNA) has been shown to be a reliable tool for detecting unionids with comparable or greater sensitivity than conventional sampling and has the added advantages of not disturbing individuals or occupied habitats. However, single‐species eDNA assays are limited to targeting individual species of interest and are functionally blind to the presence of other species. Community eDNA assays have the potential to characterize local species assemblages simultaneously but are currently less extensively developed and implemented than single‐species eDNA testing. We tested the effectiveness of community eDNA markers to identify unionid species assemblages, using two overlapping conserved primers that target the maternal mitochondrial 16S rDNA region. Both primer sets were optimized using three mock communities and successfully amplified 62.5%–81.6% of species with largely consistent results between the primer sets. Following optimization, eDNA from water samples from 24 reference sites with known mussel communities was amplified and sequenced to quantify species richness and diversity within and among sites. Metabarcoding results from the monitoring sites largely mirrored those from the mock communities, with >80% of species detections identified by both assays. The results were broadly consistent with species data from quadrat‐based manual field surveys, although both community eDNA and conventional sampling detected some species that the other method did not. These results demonstrate that community eDNA assays using conserved primers and next‐generation sequencing have the potential to simultaneously target eDNA from multiple unionid species and provide a powerful tool for complementing or augmenting conventional field surveys to characterize and monitor unionid species assemblages.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».