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Enregistrement W3185217718 · doi:10.1001/jamanetworkopen.2021.17547

Correlation Between Surrogate End Points and Overall Survival in a Multi-institutional Clinicogenomic Cohort of Patients With Non–Small Cell Lung or Colorectal Cancer

2021· article· en· W3185217718 sur OpenAlexaff
Kenneth L. Kehl, Gregory J. Riely, Eva M. Lepisto, Jessica A. Lavery, Jeremy L. Warner, Michele L. Lenoue-Newton, Shawn M. Sweeney, Julia E. Rudolph, Samantha Brown, Celeste Yu, Philippe L. Bédard, Deborah Schrag, Katherine S. Panageas, Margaret Foti, Yekaterina B. Khotskaya, Michael V. Fiandalo, Benjamin E. Gross, Nikolaus Schultz, Brooke Mastrogiacomo, Mahdi Sarmardy, Marilyn M. Li, Adam Resnick, Angela J. Waanders, Jena Lilly, Richard D. Carvajal, Raúl Rabadán, Matthew Ingham, Susan Hsaio, Jean Abraham, James D. Brenton, Oscar M. Rueda, Carlos Caldas, Mikel Valgañón, Dilrini De Silva, Chris Boursnell, Raquel Rodríguez-García, E. Vargaz Rodriguez, Birgit Nimmervoll, Ethan Cerami, Matthew D. Ducar, Priti Kumari, Neal I. Lindeman, Laura MacConnaill, John A. Orechia, Priyanka Shivdasani, Eliezer M. Van Allen, Jason M. Johnson, Pasi A. Jänne, Michael J. Hassett, Sindy Pimentel, Parin Sripakdeevong, Katherine A. Janeway, Matthew Meyerson, Daniel M. Quinn, Oya Cushing, Kevin M. Haigis, Diana Miller, Alexander Gustav, Angela C. Tramontano, Simon Arango Baquero, Jonathan L. Bell, Michelle Green, Shannon J. McCall, Michael Datto, Fabien Calvo, Fabrice André, Meurice Guillaume, Semih Doğan, Lacroix Ludovic, Jean Scoazec, Monica Ardenos, Gilles Vassal, Stefan Michels, Victor E. Velculescu, Alexander S. Baras, Christopher D. Gocke, Julie R. Brahmer, Charles L. Sawyers, David B. Solit, Stuart M. Gardos, Marc Ladanyi, S. Joseph Sirintrapun, Stacy B. Thomas, Andrew Zarski, Ahmet Zehir, Alexia Iasonosa, John Philip, Andrew L. Kung, Ritika Kundra, Hira Rivzi, J. Schwartz, Caroline McCarthy, Maufur Bhuiya, Axel Martin, Cynthia Chu, Raymond DuBois, Tony van de Velde, Gerrit A. Meijer, Hugo M. Horlings, Harm van Tinteren, Martijn P. Lolkema, Les Nijman, Mariska Bierkens, Jelle ten Hoeve, Emilie Voest, Annemieke C. Hiemstra, Gabe S. Sonke, Jacques Craenmehr, Jan Hudeček, Kim Monkhorst, Walter J. Urba, Brady Bernard, Brian Piening, Carlo Bifulco, Paul Tittel, Julie Cramer, Justin Guinney, Xindi Guo, Alyssa Acebedo, Philip W. Gold, Neil A. Bailey, Sabah Kadri, Jeremy P. Segal, Wanjari Pankhuri, Peng Wang, Steinhardt George, Moung Christine, Laura van’t Veer, Eric Talevich, Amanda Wren, E. Alejandro Sweet‐Cordero, Michelle L. Turski, Suzanne Kamel‐Reid, Zhibin Lu, Trevor J. Pugh, Lillian L. Siu, Stuart Watt, Natasha B. Leighl, Lailah Ahmed, Geeta Krishna, Carlos Virtaenen, Helen Chow, Demi Plagianakos, Samantha Del Rossi, Nitthusha Singaravelan, Sevan Hakgor, Nazish Qazi, Alisha Nguyen, Natalie Stickle, Thomas Stricker, Christine Micheel, Ingrid Anderson, Leigh F. Jones, Lucy Lu Wang, Christine M. Lovly, Michele LeNoue Newton, Ben Park, Daniel Fabbri, Joseph Coco, Chen Ye, Sandip Chaugai, Sanjay Mishra, Yuanchu James Yang, Wen Li, Rodrigo Dienstmann, Susana Aguilar Izquierdo, Cristina Viaplana Donato, Francesco M. Mancuso, Ümit Topaloĝlu, Liang Liu, Meijian Guan, Wei Zhang, Guangxu Jin, James C. Knight, Michael D’Eletto, E. Zeynep Ormay, Shrikant Mane, Kaya Bilgüvar, Walther Zenta, Daniel Dykas

Notice bibliographique

RevueJAMA Network Open · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensUniversity of TorontoPrincess Margaret Cancer CentreUniversity Health Network
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Cancer Institute
Mots-clésMedicineSurrogate endpointColorectal cancerInternal medicineOncologyDiscontinuationLung cancerRetrospective cohort studyProgression-free survivalCohortCancerClinical endpointCohort studyClinical trialOverall survival

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Importance: Contemporary observational cancer research requires associating genomic biomarkers with reproducible end points; overall survival (OS) is a key end point, but interpretation can be challenging when multiple lines of therapy and prolonged survival are common. Progression-free survival (PFS), time to treatment discontinuation (TTD), and time to next treatment (TTNT) are alternative end points, but their utility as surrogates for OS in real-world clinicogenomic data sets has not been well characterized. Objective: To measure correlations between candidate surrogate end points and OS in a multi-institutional clinicogenomic data set. Design, Setting, and Participants: A retrospective cohort study was conducted of patients with non-small cell lung cancer (NSCLC) or colorectal cancer (CRC) whose tumors were genotyped at 4 academic centers from January 1, 2014, to December 31, 2017, and who initiated systemic therapy for advanced disease. Patients were followed up through August 31, 2020 (NSCLC), and October 31, 2020 (CRC). Statistical analyses were conducted on January 5, 2021. Exposures: Candidate surrogate end points included TTD; TTNT; PFS based on imaging reports only; PFS based on medical oncologist ascertainment only; PFS based on either imaging or medical oncologist ascertainment, whichever came first; and PFS defined by a requirement that both imaging and medical oncologist ascertainment have indicated progression. Main Outcomes and Measures: The primary outcome was the correlation between candidate surrogate end points and OS. Results: There were 1161 patients with NSCLC (648 women [55.8%]; mean [SD] age, 63 [11] years) and 1150 with CRC (647 men [56.3%]; mean [SD] age, 54 [12] years) identified for analysis. Progression-free survival based on both imaging and medical oncologist documentation was most correlated with OS (NSCLC: ρ = 0.76; 95% CI, 0.73-0.79; CRC: ρ = 0.73; 95% CI, 0.69-0.75). Time to treatment discontinuation was least associated with OS (NSCLC: ρ = 0.45; 95% CI, 0.40-0.50; CRC: ρ = 0.13; 95% CI, 0.06-0.19). Time to next treatment was modestly associated with OS (NSCLC: ρ = 0.60; 0.55-0.64; CRC: ρ = 0.39; 95% CI, 0.32-0.46). Conclusions and Relevance: This cohort study suggests that PFS based on both a radiologist and a treating oncologist determining that a progression event has occurred was the surrogate end point most highly correlated with OS for analysis of observational clinicogenomic data.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,516

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,248 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations40
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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