Differential Domain Distribution of gnomAD- and Disease-Linked Connexin Missense Variants
Notice bibliographique
Résumé
Twenty-one human genes encode connexins, a family of homologous proteins making gap junction (GJ) channels, which mediate direct intercellular communication to synchronize tissue/organ activities. Genetic variants in more than half of the connexin genes are associated with dozens of different Mendelian inherited diseases. With rapid advances in DNA sequencing technology, more variants are being identified not only in families and individuals with diseases but also in people in the general population without any apparent linkage to Mendelian inherited diseases. Nevertheless, it remains challenging to classify the pathogenicity of a newly identified connexin variant. Here, we analyzed the disease- and Genome Aggregation Database (gnomAD, as a proxy of the general population)-linked variants in the coding region of the four disease-linked α connexin genes. We found that the most abundant and position-sensitive missense variants showed distinct domain distribution preference between disease- and gnomAD-linked variants. Plotting missense variants on topological and structural models revealed that disease-linked missense variants are highly enriched on the structurally stable/resolved domains, especially the pore-lining domains, while the gnomAD-linked missense variants are highly enriched in the structurally unstable/unresolved domains, especially the carboxyl terminus. In addition, disease-linked variants tend to be on highly conserved residues and those positions show evolutionary co-variation, while the gnomAD-linked missense variants are likely on less conserved residue positions and on positions without co-variation. Collectively, the revealed distribution patterns of disease- and gnomAD-linked missense variants further our understanding of the GJ structure-biological function relationship, which is valuable for classifying the pathogenicity of newly identified connexin variants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».