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Enregistrement W3187441980 · doi:10.1038/s41467-021-24852-9

Haploinsufficiency of SF3B2 causes craniofacial microsomia

2021· article· en· W3187441980 sur OpenAlexaff
Andrew T. Timberlake, Casey Griffin, Carrie L. Heike, Anne Hing, Michael L. Cunningham, David Chitayat, Mark R. Davis, Soghra Jougheh Doust, Amelia F. Drake, Milagros Dueñas, Jack Goldblatt, Jonas A. Gustafson, Paula Hurtado‐Villa, Alexis L. Johns, Natalya Karp, Nigel G. Laing, Leanne Magee, Sureni V. Mullegama, Harry Pachajoa, Gloria Liliana Porras-Hurtado, Rhonda E. Schnur, Jennie Slee, Steven L. Singer, David A. Staffenberg, Andrew E. Timms, C. Wise, Ignacio Zarante, Jean‐Pierre Saint‐Jeannet, Daniela V. Luquetti

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCraniofacial Disorders and Treatments
Établissements canadiensLondon Health Sciences CentreHospital for Sick ChildrenSickKids FoundationUniversity of TorontoWestern UniversityMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesNational Institute of Dental and Craniofacial ResearchNational Human Genome Research InstituteNational Institute on Deafness and Other Communication DisordersCenter for Mendelian Genomics, University of WashingtonNational Institutes of HealthSeattle Children's Research InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteUniversity of Washington
Mots-clésTreacher Collins syndromeMicrotiaHaploinsufficiencyCraniofacialNeural crestHemifacial microsomiaGeneticsBiologyHypoplasiaExome sequencingCraniofacial abnormalityMedicineAnatomyMutationEmbryo

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Craniofacial microsomia (CFM) is the second most common congenital facial anomaly, yet its genetic etiology remains unknown. We perform whole-exome or genome sequencing of 146 kindreds with sporadic (n = 138) or familial (n = 8) CFM, identifying a highly significant burden of loss of function variants in SF3B2 (P = 3.8 × 10−10), a component of the U2 small nuclear ribonucleoprotein complex, in probands. We describe twenty individuals from seven kindreds harboring de novo or transmitted haploinsufficient variants in SF3B2. Probands display mandibular hypoplasia, microtia, facial and preauricular tags, epibulbar dermoids, lateral oral clefts in addition to skeletal and cardiac abnormalities. Targeted morpholino knockdown of SF3B2 in Xenopus results in disruption of cranial neural crest precursor formation and subsequent craniofacial cartilage defects, supporting a link between spliceosome mutations and impaired neural crest development in congenital craniofacial disease. The results establish haploinsufficient variants in SF3B2 as the most prevalent genetic cause of CFM, explaining ~3% of sporadic and ~25% of familial cases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,298
Écart entre enseignants0,286 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations88
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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