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Enregistrement W3187702603 · doi:10.1101/2021.08.02.454627

Kinetic modelling of β-cell metabolism reveals control points in the insulin-regulating pyruvate cycling pathways

2021· preprint· en· W3187702603 sur OpenAlexafffund
Rahul Rahul, Adam R. Stinchcombe, Jamie W. Joseph, Brian Ingalls

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePancreatic function and diabetes
Établissements canadiensUniversity of TorontoUniversity of Waterloo
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésPyruvate carboxylasePyruvate dehydrogenase complexFlux (metallurgy)Citric acid cycleIsocitrate dehydrogenasePyruvate decarboxylationChemistryBiochemistryPyruvate dehydrogenase phosphataseMetabolismBiologyEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Insulin, a key hormone in the regulation of glucose homeostasis, is secreted by pancreatic β-cells in response to elevated glucose levels. Insulin is released in a biphasic manner in response to glucose metabolism in β-cells. The first phase of insulin secretion is triggered by an increase in the ATP:ADP ratio; the second phase occurs in response to both a rise in ATP:ADP as well as other key metabolic signals, including a rise in the NADPH:NADP + ratio. Experimental evidence indicates that pyruvate-cycling pathways play an important role in the elevation of the NADPH:NADP + ratio in response to glucose. In this work we developed a kinetic model for the tricarboxylic acid cycle and pyruvate cycling pathways. We successfully validated our model against recent experimental observations and performed local and global sensitivity analysis to identify key regulatory interactions in the system. The model predicts that the dicarboxylate carrier (DIC) and pyruvate transporter (PYC) are the most important regulators of pyruvate cycling and NADPH production. In contrast, our analysis showed that variation in the pyruvate carboxylase (PC) flux was compensated by a response in the activity of mitochondrial isocitrate dehydrogenase (ICD m ) resulting in minimal effect on overall pyruvate cycling flux. The model predictions suggest starting points for further experimental investigation, as well as potential drug targets for treatment of type 2 diabetes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,014

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,217
Écart entre enseignants0,192 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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