Proteomic analysis of ubiquitination substrates reveals a CTLH E3 ligase complex‐dependent regulation of glycolysis
Notice bibliographique
Résumé
Ubiquitination is an essential post-translational modification that regulates protein stability or function. Its substrate specificity is dictated by various E3 ligases. The human C-terminal to LisH (CTLH) complex is a newly discovered multi-subunit really interesting new gene (RING) E3 ligase with only a few known ubiquitination targets. Here, we used mass spectrometry-based proteomic techniques to gain insight into CTLH complex function and ubiquitination substrates in HeLa cells. First, global proteomics determined proteins that were significantly increased, and thus may be substrates targeted for degradation, in cells depleted of CTLH complex member RanBPM. RanBPM-dependent ubiquitination determined using diGLY-enriched proteomics and the endogenous RanBPM interactome further revealed candidate ubiquitination targets. Three glycolysis enzymes alpha-enolase, L-lactate dehydrogenase A chain (LDHA), and pyruvate kinase M1/2 (PKM) had decreased ubiquitin sites in shRanBPM cells and were found associated with RanBPM in the interactome. Reduced polyubiquitination was validated for PKM2 and LDHA in cells depleted of RanBPM and CTLH complex RING domain subunit RMND5A. PKM2 and LDHA protein levels were unchanged, yet their activity was increased in extracts of cells with downregulated RanBPM. Finally, RanBPM deficient cells displayed enhanced glycolysis and deregulated central carbon metabolism. Overall, this study identifies potential CTLH complex ubiquitination substrates and uncovers that the CTLH complex inhibits glycolysis via non-degradative ubiquitination of PKM2 and LDHA.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».