Phosphoproteomic analysis of chondrocytes after short-term exposure to inorganic polyphosphate
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Osteoarthritis is a debilitating disease of the joint that affects over 230 million people worldwide. Currently there are no treatments that slow the progression of this disease. For these reasons, new biological treatment options are currently being explored. Inorganic polyphosphates are naturally occurring biological molecules that have an anabolic effect on chondrocytes grown in vitro in the presence of Ca 2+ . We hypothesized that when examining significant changes in protein phosphorylation, key candidates would emerge that could help to elucidate the anabolic effects of polyphosphate on chondrocytes. Therefore, we conducted a large-scale quantitative proteomic and phosphoproteomic study of bovine primary articular chondrocytes after 30-minute treatment with inorganic polyphosphate and Ca 2+ . Mass spectrometry identified more than 6000 phosphorylation sites on ∼1600 chondrocyte phosphoproteins while proteomic analysis detected approximately 4100 proteins. Analysis of the data revealed a swift and dynamic response to polyphosphate after 30 minutes. What emerged from the list of proteins most affected by the treatment were proteins with key roles in chondrogenesis including TNC, IGFBP-5, and CTGF, indicating that polyphosphate plays an important role in chondrocyte metabolism. This phosphoproteome serves as a meaningful resource to help elucidate the molecular events that contribute to extracellular matrix production in cartilage.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».