Integrated Analysis of microRNAs and Metabolomics in Rat’s Serum Reveals Multi-action Modes of Qingfei Paidu Decoction for COVID-19 Treatment
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background During the fight against coronavirus disease 2019 (COVID-19) in China, Qingfei Paidu decoction (QFPDD) has been widely applied to treat COVID-19 patients. Retrospective studies showed that QFPDD could improve clinical outcomes of COVID-19. Thus, it is necessary and interesting to explore the action mode of QFPDD for further application and development.MethodsSprague-Dawley (SD) rats were randomly divided into two groups, QFPDD (n=9) and control (n=10) groups. They were parallelly treated for 12 days with QFPDD and warm distilled water, respectively. At the endpoint, the microRNA (miRNA or miR) profiles in serum were detected to identify differently expressed miRNAs (DEMs). Then, the action mode of QFPDD were explored via review of potential roles of DEMs and functional enrichment analysis of their targets (e.g., GO enrichment and KEGG pathway analysis), especially focusing on the aspects of immunity, inflammation, virus infection and pulmonary fibrosis. Core genes were identified based on KEGG pathway analysis. Metabolomics were detected in serum and significantly changed metabolites (SCMs), especially the metabolic substrates and products of enzyme of core gene were identified as biomarkers to validate the regulation of DEMs to enzyme activity of core gene through metabolomic analysis and linear correlation analysis between SCMs and DEMs. Results23 DEMs were identified in the serum between QFPDD and control groups, with 1636 predicted genes. Reported evidence has showed that both the DEMs and their target genes involve regulation of immunity, inflammation, virus infection and pulmonary fibrosis. Phospholipase C, gamma 1 (Plcg1) was identified as a core gene and predicted to be upregulated attributed to downregulation of novel-89-mature. The levels of three SCMs, PC(P-18:1(11Z)/22:5(4Z,7Z,10Z,13Z,16Z)), PC(22:5(4Z,7Z,10Z,13Z,16Z)/P-18:0) and PC(16:1(9Z)/16:1(9Z)), which were the metabolic substrates of phospholipase C, were significantly reduced in QFPDD group, in addition, PC(P-18:1(11Z)/22:5(4Z,7Z,10Z,13Z,16Z)) and PC(22:5(4Z,7Z,10Z,13Z,16Z)/P-18:0) presented positively linear correlation with the expression level of novel-89-mature. The level of phosphorylcholine, a product of PCs metabolized by phospholipase C, was significantly elevated in QFPDD group. Conclusion QFPDD can induce modification of miRNAs profile, and subsequently multi-regulate the immunity, inflammation, virus infection and pulmonary fibrosis in vivo, playing an important role for the positive outcomes of COVID-19 patients treated by QFPDD in China.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».