Design and quality control of large-scale two-sample Mendelian randomisation studies
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Mendelian randomization studies are susceptible to meta-data errors (e.g. incorrect specification of the effect allele column) and other analytical issues that can introduce substantial bias into analyses. We developed a quality control pipeline for the Fatty Acids in Cancer Mendelian Randomization Collaboration (FAMRC) that can be used to identify and correct for such errors. Methods We invited cancer GWAS to share summary association statistics with the FAMRC and subjected the collated data to a comprehensive QC pipeline. We identified meta data errors through comparison of study-specific statistics to external reference datasets (the NHGRI-EBI GWAS catalog and 1000 genome super populations) and other analytical issues through comparison of reported to expected genetic effect sizes. Comparisons were based on three sets of genetic variants: 1) GWAS hits for fatty acids, 2) GWAS hits for cancer and 3) a 1000 genomes reference set. Results We collated summary data from six fatty acid and 49 cancer GWAS. Meta data errors and analytical issues with the potential to introduce substantial bias were identified in seven studies (13%). After resolving analytical issues and excluding unreliable data, we created a dataset of 219,842 genetic associations with 87 cancer types. Conclusion In this large MR collaboration, 13% of included studies were affected by a substantial meta data error or analytical issue. By increasing the integrity of collated summary data prior to their analysis, our protocol can be used to increase the reliability of post-GWAS analyses. Our pipeline is available to other researchers via the CheckSumStats package ( https://github.com/MRCIEU/CheckSumStats ).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,416 | 0,627 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,005 | 0,009 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,005 |
| Communication savante | 0,006 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,018 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».