SARS-CoV-2 N501Y variants of concern and their potential transmission by mouse
Notice bibliographique
Résumé
The infection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus causes pneumonia of coronavirus diseases 2019 (COVID-19) [ 1 ]. A portion of patients with COVID-19 develop severe conditions that are closely related to aberrant immunity and local inflammation [ 2 ], clinically manifested as cytokine storm, expansion of myeloid-derived suppressor cells and lymphopenia, and the like [ 3 , 4 ]. As of the end of March 2021, the pandemic of SARS-CoV-2 has resulted in more than 126.6 million of patients with COVID-19, leading to about 2.8 million deaths around the world (Fig. 1a ) [ 5 ]. Over the past year, considerable efforts had been endeavored to implant public health measures to limit the spreading of SARS-Co-V2. However, before people started to cheer the staged success in the middle of January 2021, another wave of global SARS-CoV-2 spreading is surging up shortly after the fall-off of the second wave of pandemic (Fig. 1a ). Similar to the second wave that came up with a highly transmissible variant carrying D614G mutation [ 6 ], the third wave of pandemic emerged with a number of different variants, among which three variants, B.1.1.7, B1.351, and P.1, displayed increasing transmissibility, and therefore were categorized by the world health organization (WHO) as variants of concern (VOC). By 29 March 2021, these three variants have been constituting about two-thirds of SARS-CoV-2 viruses circulating around the world (Fig. 1b ) [ 5 ]. Fig. 1: Implication of mouse-mediated transmission of SARS-CoV-2 N501Y variants in the 3rd wave pandemic. a Weekly cases of global confirmed COVID-19 by May 28, 2021. Data were retrieved from the COVID-19 Dashboard of the World Health Organization (WHO). b The proportion of different SARS-CoV-2 clades over time. The graph was made from data adopted from Nextstrain SARS-CoV-2 resources. c Schematic diagram depicts the mutations on spike proteins of three SARS-CoV-2 N501Y variants of concern. Key mutations are in black and bold. Shared mutations are shadowed. SP signal peptide, NTD N terminus domain, CTD/RBD C terminus domain/receptor-binding domain, TM transmembrane region, CT cytoplasmic terminus. d A list of SARS-CoV-2 strains, harboring mutations in the RBD region of S glycoprotein, that could effectively infect wild-type mice. e Schematic demonstration of the mouse as a transmitter of the SARS-CoV-2 N501Y variants of concern. Full size image
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,005 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,019 | 0,019 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».