Rapid Detection and Typing of Actinobacillus pleuropneumoniae Serovars Directly From Clinical Samples: Combining FTA® Card Technology With Multiplex PCR
Notice bibliographique
Résumé
Actinobacillus pleuropneumoniae (APP), the causative agent of porcine pleuropneumonia, is highly contagious and responsible for high morbidity, mortality, and economic losses in the swine industry worldwide, but quick serotyping and diagnosis are still not widely available. In this study, we sought to validate the use of Whatman FTA ® cards for collection and processing of A. pleuropneumoniae isolates, or porcine lung tissue samples, for direct use in diagnostic multiplex PCRs. We have optimized the processing of 3-mm discs punched from FTA ® cards loaded with cultured A. pleuropneumoniae , or imprinted on lesioned regions of lung tissue, with only three distilled water washes before addition into our APP-multiplex PCR (mPCR) assay for rapid, low-cost identification and serotyping. DNA captured on FTA ® cards generated the same diagnostic PCR results as DNA extracted using commercial kits for 85 A. pleuropneumoniae clinical isolate cultures and 22 lung samples. Additionally, bacterial DNA bound to FTA ® cards was detectable by PCR after 6 months of storage at 37°C. This study provides simple, efficient, rapid, and practical sample processing for detection and molecular serotyping of A. pleuropneumoniae .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».