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Enregistrement W3192279718 · doi:10.3389/fvets.2021.728660

Rapid Detection and Typing of Actinobacillus pleuropneumoniae Serovars Directly From Clinical Samples: Combining FTA® Card Technology With Multiplex PCR

2021· article· en· W3192279718 sur OpenAlexaff
Oliver W. Stringer, Janine T. Bossé, Sonia Lacouture, Marcelo Gottschalk, László Fodor, Øystein Angen, Eduardo Velazquez, Liancheng Lei, Paul R. Langford, Yan-Wen Li

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Veterinary Science · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueMicrobial infections and disease research
Établissements canadiensUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilDirectorate for Biological SciencesHungarian Scientific Research FundNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésActinobacillus pleuropneumoniaeSerotypePleuropneumoniaMultiplex polymerase chain reactionMicrobiologyTypingMultiplexBiologyPolymerase chain reactionVirologyGeneBioinformatics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Actinobacillus pleuropneumoniae (APP), the causative agent of porcine pleuropneumonia, is highly contagious and responsible for high morbidity, mortality, and economic losses in the swine industry worldwide, but quick serotyping and diagnosis are still not widely available. In this study, we sought to validate the use of Whatman FTA ® cards for collection and processing of A. pleuropneumoniae isolates, or porcine lung tissue samples, for direct use in diagnostic multiplex PCRs. We have optimized the processing of 3-mm discs punched from FTA ® cards loaded with cultured A. pleuropneumoniae , or imprinted on lesioned regions of lung tissue, with only three distilled water washes before addition into our APP-multiplex PCR (mPCR) assay for rapid, low-cost identification and serotyping. DNA captured on FTA ® cards generated the same diagnostic PCR results as DNA extracted using commercial kits for 85 A. pleuropneumoniae clinical isolate cultures and 22 lung samples. Additionally, bacterial DNA bound to FTA ® cards was detectable by PCR after 6 months of storage at 37°C. This study provides simple, efficient, rapid, and practical sample processing for detection and molecular serotyping of A. pleuropneumoniae .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,434
Score d'incertitude au seuil0,652

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,002
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,043
Tête enseignante GPT0,300
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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