Intra- and Interlaboratory Reproducibility of the Sensitivity to Endocrine Therapy Assay for Stage II/III Breast Cancer
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The sensitivity to endocrine therapy assay (SET2,3) predicts treatment outcomes in Stage II-III breast cancer. SET2,3 measures transcription related to estrogen and progesterone receptors (SETER/PR index) and the molecular subtype (RNA4: ESR1, PGR, ERBB2, AURKA) from formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue sections. METHODS: We designed a nested study across 3 pathology laboratories, each testing 60 breast cancers twice in controlled batches. Laboratories macrodissected and directly homogenized the unstained FFPE tumor sections, then performed the QuantiGene Plex bead-based hybridization assay. SET2,3 was calculated centrally using predefined statistical R-scripts and applying pre-defined cutpoints. Concordance correlation coefficient (CCC) was calculated from continuous measurements and Kappa statistic from categorical results. A mixed-effects model estimated contributions to bias (fixed effects) and variance (random effects) from the replicated design. RESULTS: Intralaboratory (CCC 0.96-0.99) and interlaboratory (CCC 0.98-0.99) SET2,3 results were concordant, with rates of agreement for high/low categorization within (Kappa 0.83-0.93) and between laboratories (Kappa 0.87-0.88). The relative contributions to overall variance of SET2,3 measurements were 96.90% from biological differences between cancers, 0.67% from interlaboratory variability, and 2.44% from residual causes including intralaboratory replicates. Similar results were obtained with SETER/PR, the baseline prognostic index calculated using pathological or clinical tumor and nodal staging information, and the 4 individual genes (ESR1, PGR, ERBB2, and AURKA). CONCLUSION: Intra- and interpathology laboratory measurements of SET2,3 and its components were highly reproducible when tested from FFPE tumor sections.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,041 | 0,058 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».