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Enregistrement W3192692957 · doi:10.1101/2021.07.30.21261406

SCU-Net: A deep learning method for segmentation and quantification of breast arterial calcifications on mammograms

2021· preprint· en· W3192692957 sur OpenAlexaff
Xiaoyuan Guo, W. Charles O’Neill, Brianna L. Vey, Tianen Christopher Yang, Thomas J. Kim, Maryzeh Ghassemi, Ian Pan, Judy Wawira Gichoya, Hari Trivedi, Imon Banerjee

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineEngineering
ThématiqueAdvanced X-ray and CT Imaging
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésJaccard indexSegmentationMetric (unit)Artificial intelligenceContext (archaeology)Pattern recognition (psychology)Computer scienceCorrelationIntensity (physics)MathematicsOpticsPhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Purpose Measurements of breast arterial calcifications (BAC) can offer a personalized, noninvasive approach to risk-stratify women for cardiovascular disease such as heart attack and stroke. We aim to detect and segment breast arterial calcifications in mammograms accurately and suggest novel measurements to quantify detected BAC for future clinical applications. Methods To separate BAC in mammograms, we propose a light-weight fine vessel segmentation method Simple Context U-Net (SCU-Net). Due to the large image size of mammograms, we adopt a patch-based way to train SCU-Net and obtain the final whole-image-size results by stitching patch-wise results together. To further quantify calcifications, we test five quantitative metrics to inspect the progression of BAC for subjects: Sum of Mask Probability Metric (𝒫ℳ), Sum of Mask Area Metric (𝒜ℳ), Sum of Mask Intensity Metric (𝒮ℐℳ), Sum of Mask Area with Threshold Intensity Metric (𝒯𝒜ℳ X ) and Sum of Mask Intensity with Threshold X Metric (𝒯 𝒮ℐℳ X ). Finally, we demonstrate the ability of the metrics to longitudinally measure calcifications in a group of 26 subjects and evaluate our quantification metrics compared to calcified voxels and calcium mass on breast CT for 10 subjects. Results Our segmentation results are compared with state-of-the-art network architectures based on recall, precision, accuracy, F1-score/Dice Score and Jaccard Index evaluation metrics and achieve corresponding values of 0.789, 0.708, 0.997, 0.729, and 0.581 for whole-image-size results. The quantification results all show > 95% correlation between quantification measures on predicted masks of SCU-Net as compared to the groundtruth and measurement of calcification on breast CT. For the calcifications quantification measurement, our calcification volume (voxels) results yield R 2 -correlation values of 0.834, 0.843, 0.832, 0.798, and 0.800 for the 𝒫ℳ, 𝒜ℳ, 𝒮ℐℳ, 𝒯𝒜ℳ 100 , 𝒯 𝒮ℐℳ 100 metrics, respectively; our calcium mass results yield comparable R 2 -correlation values of 0.866, 0.873, 0.840, 0.774, and 0.798 for the same metrics. Conclusions SCU-Net is a simple method to accurately segment arterial calcification retrospectively on routine mammograms. Quantification of the calcifications based on this segmentation in the retrospective cohort study has sufficient sensitivity to detect the normal progression over time and should be useful for future research and clinical applications.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,652
Score d'incertitude au seuil0,828

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,297
Écart entre enseignants0,277 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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