Transposable element profiles reveal cell line identity and loss of heterozygosity in <i>Drosophila</i> cell culture
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Cell culture systems allow key insights into biological mechanisms yet suffer from irreproducible outcomes in part because of cross-contamination or mislabelling of cell lines. Cell line misidentification can be mitigated by the use of genotyping protocols, which have been developed for human cell lines but are lacking for many important model species. Here we leverage the classical observation that transposable elements (TEs) proliferate in cultured Drosophila cells to demonstrate that genome-wide TE insertion profiles can reveal the identity and provenance of Drosophila cell lines. We identify multiple cases where TE profiles clarify the origin of Drosophila cell lines (Sg4, mbn2, and OSS_E) relative to published reports, and also provide evidence that insertions from only a subset of LTR retrotransposon families are necessary to mark Drosophila cell line identity. We also develop a new bioinformatics approach to detect TE insertions and estimate intra-sample allele frequencies in legacy whole-genome shotgun sequencing data (called ngs_te_mapper2), which revealed copy-neutral loss of heterozygosity as a mechanism shaping the unique TE profiles that identify Drosophila cell lines. Our work contributes to the general understanding of the forces impacting metazoan genomes as they evolve in cell culture and paves the way for high-throughput protocols that use TE insertions to authenticate cell lines in Drosophila and other organisms.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».