Intein-based Design Expands Diversity of Selenocysteine Reporters
Notice bibliographique
Résumé
The presence of selenocysteine in a protein confers many unique properties that make the production of recombinant selenoproteins desirable. Targeted incorporation of Sec into a protein of choice is possible by exploiting elongation factor Tu-dependent reassignment of UAG codons, a strategy that has been continuously improved by a variety of means. Improving selenoprotein yield by directed evolution requires selection and screening markers that are titratable, have a high dynamic range, enable high-throughput screening, and can discriminate against nonspecific UAG decoding. Current screening techniques are limited to a handful of reporters where a cysteine (Cys) or Sec residue normally affords activity. Unfortunately, these existing Cys/Sec-dependent reporters lack the dynamic range of more ubiquitous reporters or suffer from other limitations. Here we present a versatile strategy to adapt established reporters for specific Sec incorporation. Inteins are intervening polypeptides that splice themselves from the precursor protein in an autocatalytic splicing reaction. Using an intein that relies exclusively on Sec for splicing, we show that this intein cassette can be placed in-frame within selection and screening markers, affording reporter activity only upon successful intein splicing. Furthermore, because functional splicing can only occur when a catalytic Sec is present, the amount of synthesized reporter directly measures UAG-directed Sec incorporation. Importantly, we show that results obtained with intein-containing reporters are comparable to the Sec incorporation levels determined by mass spectrometry of isolated recombinant selenoproteins. This result validates the use of these intein-containing reporters to screen for evolved components of a translation system yielding increased selenoprotein amounts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».