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Enregistrement W3194251718 · doi:10.1002/jmv.27285

Evolution of viral variants in remdesivir‐treated and untreated SARS‐CoV‐2‐infected pediatrics patients

2021· article· en· W3194251718 sur OpenAlexaff
Florencia A. T. Boshier, Juanita Pang, Justin Penner, Matthew Parker, Nele Alders, Alasdair Bamford, Louis Grandjean, Stephanie Grünewald, James Hatcher, Timothy Best, Caroline Dalton, Patricia Dyal Bynoe, Claire Frauenfelder, Jutta Köeglmeier, Phoebe Myerson, Sunando Roy, Rachel Williams, Thushan I. de Silva, Richard A. Goldstein, Judith Breuer

Notice bibliographique

RevueJournal of Medical Virology · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilJohn Black Charitable FoundationUniversity College London Hospitals NHS Foundation TrustBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilRosetrees TrustAction Medical ResearchUK Research and InnovationAcademy of Medical SciencesWellcome TrustNational Institute for Health and Care ResearchGilead Sciences
Mots-clésViral loadSuperinfectionVirologyPopulationMedicineBiologyViral replicationVirusImmunology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Detailed information on intrahost viral evolution in SARS-CoV-2 with and without treatment is limited. Sequential viral loads and deep sequencing of SARS-CoV-2 from the upper respiratory tract of nine hospitalized children, three of whom were treated with remdesivir, revealed that remdesivir treatment suppressed viral load in one patient but not in a second infected with an identical strain without any evidence of drug resistance found. Reduced levels of subgenomic RNA during treatment of the second patient, suggest an additional effect of remdesivir on viral replication. Haplotype reconstruction uncovered persistent SARS-CoV-2 variant genotypes in four patients. These likely arose from within-host evolution, although superinfection cannot be excluded in one case. Although our dataset is small, observed sample-to-sample heterogeneity in variant frequencies across four of nine patients suggests the presence of discrete viral populations in the lung with incomplete population sampling in diagnostic swabs. Such compartmentalization could compromise the penetration of remdesivir into the lung, limiting the drugs in vivo efficacy, as has been observed in other lung infections.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,005
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,062
Score d'incertitude au seuil0,589

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,005
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,329
Écart entre enseignants0,308 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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