Genetic diversity and population structure of Leptosphaeria maculans isolates in Western Canada
Notice bibliographique
Résumé
Leptosphaeria maculans is a serious concern for canola production worldwide. For effective disease management, knowledge of the pathogen's genetic variability and population structure is a prerequisite. In this study, whole-genome sequencing was performed for 162 of 1590 L. maculans isolates collected in the years 2007-2008 and 2012-2014 in Western Canada. DNA variants in genome-wide and specific regions including avirulence (Avr) genes were characterized. A total of 31,870 high-quality polymorphic DNA variants were used to study L. maculans genetic diversity and population structure. Cluster analysis showed that 150 isolates were clustered into 2 main groups and 4 subgroups by DNA variants located in either Avr or small secreted protein-encoding genes and into 2 main groups and 6 subgroups by genome-wide variants. The analysis of nucleotide diversity and differentiation also confirmed genetic variation within a population and among populations. Principal component analysis with genome-wide variants showed that the isolates collected in 2012-2014 were more genetically diverse than those collected in 2007-2008. Population structure analysis discovered three distinct sub-populations. Although isolates from Saskatchewan and Alberta were of similar genetic composition, Manitoba isolates were highly diverse. Genome-wide association study detected DNA variants in genes AvrLm4-7, Lema_T86300, and Lema_T86310 associated with the years of collection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».