Notice bibliographique
Résumé
Abstract PhnZ is a di‐iron‐dependent monooxygenase from the HD superfamily of metal ion‐dependent phosphohydrolases. These enzymes utilize a conserved histidine‐aspartate motif in the active site for metal ion binding. PhnZ is commonly found in marine bacteria where it works in tandem with the α‐ketoglutarate‐dependent dioxygenase PhnY to extract inorganic phosphate from the organophosphonate natural product 2‐aminoethylphosphonic acid. PhnY hydroxylates 2‐aminoethylphosphonic acid stereospecifically to generate (R)‐2‐amino‐1‐hydroxyethylphosphonic acid, whereupon PhnZ catalyzes the oxidative cleavage of the carbon–phosphorus bond yielding glycine and inorganic phosphate. Analysis of the metal ion dependence of PhnZ through activity assays, ICP‐MS, Mössbauer spectroscopy, and EPR spectroscopy have shown that this enzyme utilizes a mixed‐valence Fe(II)/Fe(III) di‐iron cofactor for catalysis. The X‐ray crystal structures of PhnZ have revealed that one Fe ion (Fe2) is used to bind the substrate in a bidentate manner, while the other Fe ion (Fe1) is likely used to reduce dioxygen. Two conserved active site residues, Y24 and E27, are observed to migrate in and out of the active site in response to substrate binding. Y24 is observed to bind Fe2, occupying the putative dioxygen binding site, but is expelled upon recognition of the substrate amino group by the residue E27. This is proposed to allow dioxygen to bind to Fe1, placing it well within proximity of the substrate bound at Fe2. A mechanism for oxidative carbon–phosphorus bond cleavage by PhnZ has been proposed based on these results. PhnZ not only represents the third known mechanism for enzymatic cleavage of CP‐bonds but also provides a window into the evolution of new functions within an enzyme superfamily.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».