Effect of season and lactation stage on the diagnostic sensitivity of direct real-time PCR assay for detection of fecal shedding of Mycobacterium avium subsp paratuberculosis
Notice bibliographique
Résumé
Mycobacterium avium subsp paratuberculosis (MAP) is the causative organism of Johne's disease. Dairy Farmers of Canada lists this production-limiting disease as one of the top two animal health priorities for the Canadian dairy industry. Infection of newborn calves from ingestion of MAP-infected feces, colostrum, or milk is considered the main route of transmission and a major concern in a herd. Current diagnostics rely on identification of the bacterium in feces via culture and molecular tests or identification of MAP antibodies in milk or serum via enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA). However, these tests are inadequate to meet industry needs for herd biosecurity and environmental-transmission control of MAP, especially when MAP-infected cows are in the subclinical stages of the disease. Milk ELISAs have poor predictive values due to imperfect sensitivity and specificity, especially when used in herds with a low prevalence of MAP-infected cows. Although culture of fecal samples for MAP is currently the gold standard diagnostic test for identification of MAP-infected cows, the long incubation times, costs, and intermittent shedding of MAP in feces hinder its use as an efficient screening tool. The goal of this study was to assess how shedding patterns of MAP in feces vary with lactation stage and season, as determined via direct real-time polymerase chain reaction (PCR) assay.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».