Genetic analysis of early phenology in lentil identifies distinct loci controlling component traits
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Reproductive phenology is well known to be a key feature of crop adaptation to diverse ecogeographic variation and management practices. Lentil is one of the founder pulse crops of middle-eastern Neolithic agriculture, and the modern-day domesticated lentil germplasm is generally considered to form three broad adaptation groups: Mediterranean, South Asian and northern temperate, which correspond approximately to the major global production environments. Understanding the molecular basis of these adaptations is crucial to maximise efficiency of breeding programs. Here, we use a QTL approach to dissect the earliness that is characteristic of the South Asian pilosae ecotype, and that suits it to the typically short winter cropping season. We identified two loci, DTF6a and DTF6b , at which dominant alleles confer early flowering. We show that, although these loci can interact in an additive manner, DTF6a alone is sufficient to confer early flowering even in extremely short photoperiods. Comparisons with closely related legume species confirmed the presence of a conserved cluster of three FT orthologs among potential candidate genes in the region, and expression analysis in near-isogenic material showed that the early dtf6a allele is associated with a strong derepression of the FTa1 gene in particular. Analysis of sequence variation revealed the presence of a 7.4 kb deletion in the FTa1 - FTa2 intergenic region in the pilosae parent, and a wide survey of over 400 accessions with diverse origin showed that the dtf6a allele is dominant in South Asia material. Collectively, these results contribute to understanding the molecular basis of global adaptation in lentil, and further emphasize the importance of this conserved genomic region for adaptation in temperate legumes generally.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».