Detection and Clinical Implications of Monovalent Rotavirus Vaccine-Derived Virus Strains in Children with Gastroenteritis in Alberta, Canada
Notice bibliographique
Résumé
While rotavirus vaccine programs effectively protect against severe rotavirus gastroenteritis, rotavirus vaccine strains have been identified in the stool of vaccinated children and their close contacts suffering from acute gastroenteritis. The prevalence of vaccine strains, the emergence of vaccine-derived strains, and their role in acute gastroenteritis are not well studied. We developed a locked nucleic acid reverse transcription real-time PCR assay (LNA-RTqPCR) to detect the monovalent rotavirus vaccine (RV1) Rotarix nonstructural protein 2 (NSP2) in children with acute gastroenteritis and healthy controls, and validated it using sequence-confirmed RV1 strains. The association between RV1-derived strains and gastroenteritis was determined using logistic regression. The new assay exhibited 100% (95% CI 91.7%, 100%) diagnostic sensitivity and 99.4% (95% CI 96.2%, 100%) diagnostic specificity, with a detection limit of 9.86 copies/reaction and qPCR efficiency of 99.7%. Using this assay, we identified the presence of RV1-derived NSP2 sequences in 7.7% of rotavirus gastroenteritis cases and 98.6% of rotavirus-positive healthy children (94.4% had previously received the RV1). Among gastroenteritis cases, those whose stool contained RV1-derived strains had milder gastroenteritis symptoms compared to that of natural rotavirus infections. We observed no significant association between RV1-derived strains and gastroenteritis (odds ratio [OR] 0.98; 95% CI 0.60, 1.72). Our study demonstrated that the new assay is suitable for monitoring RV1-derived rotavirus strain circulation and that the RV1-derived strains are not associated with development of gastroenteritis symptoms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».