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Enregistrement W3196350634 · doi:10.1080/08839514.2021.1975379

Analysis of Machine Learning Methods for COVID-19 Detection Using Serum Raman Spectroscopy

2021· article· en· W3196350634 sur OpenAlex
David Chen

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueApplied Artificial Intelligence · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSpectroscopy Techniques in Biomedical and Chemical Research
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésArtificial intelligenceComputer scienceMachine learningCross-validationArtificial neural networkClassifier (UML)Multilayer perceptronPrecision and recallPopulationFeature engineeringFeature selectionDeep learningPattern recognition (psychology)Medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

One of the most challenging aspects of the emergent coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic caused by infection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 has been the need for massive diagnostic tests to detect and track infection rates at the population level. Current tests such as reverse transcription-polymerase chain reaction can be low-throughput and labor intensive. An ultra-fast and accurate mode of detecting COVID-19 infection is crucial for healthcare workers to make informed decisions in fast-paced clinical settings. The high-dimensional, feature-rich components of Raman spectra and validated predictive power for identifying human disease, cancer, as well as bacterial and viral infections pose the potential to train a supervised classification machine learning algorithm on Raman spectra of patient serum samples to detect COVID-19 infection. We developed a novel stacked subsemble classifier model coupled with an iteratively validated and automated feature selection and engineering workflow to predict COVID-19 infection status from Raman spectra of 250 human serum samples, with a 10-fold cross-validated classification accuracy of 98.0% (98.6% precision and 98.5% recall). Furthermore, we benchmarked nine machine learning and artificial neural network models when evaluated using eight standalone performance metrics to assess whether ensemble methods offered any improvement from baseline machine learning models. Using a rank-normalized scores derived from the performance metrics, the stacked subsemble model ranked higher than the Multi-layer Perceptron, which in turn ranked higher than the eight other machine learning models. This study serves as a proof of concept that stacked ensemble machine learning models are a powerful predictive tool for COVID-19 diagnostics.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,770
Score d'incertitude au seuil0,546

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,066
Tête enseignante GPT0,456
Écart entre enseignants0,390 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle