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Enregistrement W3196414932 · doi:10.1016/j.heliyon.2021.e07962

Telaprevir is a potential drug for repurposing against SARS-CoV-2: computational and in vitro studies

2021· article· en· W3196414932 sur OpenAlexfundno aff
Amal Mahmoud, Ahmed Mostafa, Ahmed A. Al‐Karmalawy, Ahmad Zidan, Hamada S. Abulkhair, Sara H. Mahmoud, Mahmoud Shehata, Mahmoud ElHefnawi, Mohamed A. Ali

Notice bibliographique

RevueHeliyon · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesDeanship of Scientific Research, King Saud UniversityNational Research Council CanadaImam Abdulrahman Bin Faisal UniversityNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human ServicesAcademy of Scientific Research and TechnologyUniversity of DammamNational Research Centre
Mots-clésTelaprevirDrug repositioningIn silicoBoceprevirVirologyDrug discoveryPharmacologyDrugMiddle East respiratory syndrome coronavirusHepatitis C virusRepurposingComputational biologyRibavirinBiologyVirusMedicineCoronavirus disease 2019 (COVID-19)BioinformaticsBiochemistryGeneDisease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Drug repurposing is an important approach to the assignment of already approved drugs for new indications. This technique bypasses some steps in the traditional drug approval system, which saves time and lives in the case of pandemics. Direct acting antivirals (DAAs) have repeatedly repurposed from treating one virus to another. In this study, 16 FDA-approved hepatitis C virus (HCV) DAA drugs were studied to explore their activities against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) human and viral targets. Among the 16 HCV DAA drugs, telaprevir has shown the best in silico evidence to work on both indirect human targets (cathepsin L [CTSL] and human angiotensin-converting enzyme 2 [ h ACE2] receptor) and direct viral targets (main protease [M pro ]). Moreover, the docked poses of telaprevir inside both h ACE2 and M pro were subjected to additional molecular dynamics simulations monitored by calculating the binding free energy using MM-GBSA. In vitro analysis of telaprevir showed inhibition of SARS-CoV-2 replication in cell culture (IC 50 = 11.552 μM, CC 50 = 60.865 μM, and selectivity index=5.27). Accordingly, based on the in silico studies and supported by the presented in vitro analysis, we suggest that telaprevir may be considered for therapeutic development against SARS-CoV-2.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,013

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,046
Tête enseignante GPT0,352
Écart entre enseignants0,306 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations83
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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