Structure of prion β‐oligomers as determined by short‐distance crosslinking constraint‐guided discrete molecular dynamics simulations
Notice bibliographique
Résumé
) is the central element in the development of prion diseases. The structure of the aggregates and the molecular mechanisms of the conformational changes involved in the conversion are still unknown. We applied mass spectrometry combined with chemical crosslinking, hydrogen/deuterium exchange, limited proteolysis, and surface modification for the differential characterization of the native and the urea+acid-converted prion β-oligomer structures to obtain insights into the mechanisms of conversion and aggregation. For the determination of the structure of the monomer and the dimer unit of the β-oligomer, we applied a recently-developed approach for de novo protein structure determination which is based on the incorporation of zero-length and short-distance crosslinking data as intra- and inter-protein constraints in discrete molecular dynamics simulations (CL-DMD). Based on all of the structural-proteomics experimental data and the computationally predicted structures of the monomer units, we propose the potential mode of assembly of the β-oligomer. The proposed β-oligomer assembly provides a clue on the β-sheet nucleation site, and how template-based conversion of the native prion molecule occurs, growth of the prion aggregates, and maturation into fibrils may occur.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».