Early circulation of rabbit haemorrhagic disease virus type 2 in domestic and wild lagomorphs in southern California, USA (2020–2021)
Notice bibliographique
Résumé
Rabbit haemorrhagic disease virus type 2 (RHDV2) causes a severe systemic disease with hepatic necrosis. Differently from classic RHDV, which affects only European rabbits (Oryctolagus cuniculus), RHDV2 can affect many leporid species, including hares (Lepus spp.) and cottontail rabbits (Sylvilagus spp.). RHDV2 emerged in Europe in 2010 and spread worldwide. During the last 5 years, there have been multiple outbreaks in North America since the first known event in 2016 in Quebec, Canada, including several detections in British Columbia, Canada, between 2018 and 2019, Washington State and Ohio, USA, in 2018 and 2019, and New York, USA, in 2020. However, the most widespread outbreak commenced in March 2020 in the southwestern USA and Mexico. In California, RHDV2 spread widely across several southern counties between 2020 and 2021, and the aim of this study was to report and characterize these early events of viral incursion and circulation within the state. Domestic and wild lagomorphs (n = 81) collected between August 2020 and February 2021 in California with a suspicion of RHDV2 infection were tested by reverse transcription quantitative real-time PCR on the liver, and histology and immunohistochemistry for pan-lagovirus were performed on liver sections. In addition, whole genome sequencing from 12 cases was performed. During this period, 33/81 lagomorphs including 24/59 domestic rabbits (O. cuniculus), 3/16 desert cottontail rabbits (Sylvilagus audubonii), and 6/6 black-tailed jackrabbits (Lepus californicus) tested positive. All RHDV2-positive animals had hepatic necrosis typical of pathogenic lagovirus infection, and the antigen was detected in sections from individuals of the three species. The 12 California sequences were closely related (98.9%-99.95%) to each other, and also very similar (99.0%-99.4%) to sequences obtained in other southwestern states during the 2020-2021 outbreak; however, they were less similar to strains obtained in New York in 2020 (96.7%-96.9%) and Quebec in 2016 (92.4%-92.6%), suggesting that those events could be related to different viral incursions. The California sequences were more similar (98.6%-98.7%) to a strain collected in British Columbia in 2018, which suggests that that event could have been related to the 2020 outbreak in the southwestern USA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».