An Early Warning Risk Prediction Tool (RECAP-V1) for Patients Diagnosed With COVID-19: Protocol for a Statistical Analysis Plan
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Since the start of the COVID-19 pandemic, efforts have been made to develop early warning risk scores to help clinicians decide which patient is likely to deteriorate and require hospitalization. The RECAP (Remote COVID-19 Assessment in Primary Care) study investigates the predictive risk of hospitalization, deterioration, and death of patients with confirmed COVID-19, based on a set of parameters chosen through a Delphi process performed by clinicians. We aim to use rich data collected remotely through the use of electronic data templates integrated in the electronic health systems of several general practices across the United Kingdom to construct accurate predictive models. The models will be based on preexisting conditions and monitoring data of a patient's clinical parameters (eg, blood oxygen saturation) to make reliable predictions as to the patient's risk of hospital admission, deterioration, and death. OBJECTIVE: This statistical analysis plan outlines the statistical methods to build the prediction model to be used in the prioritization of patients in the primary care setting. The statistical analysis plan for the RECAP study includes the development and validation of the RECAP-V1 prediction model as a primary outcome. This prediction model will be adapted as a three-category risk score split into red (high risk), amber (medium risk), and green (low risk) for any patient with suspected COVID-19. The model will predict the risk of deterioration and hospitalization. METHODS: After the data have been collected, we will assess the degree of missingness and use a combination of traditional data imputation using multiple imputation by chained equations, as well as more novel machine-learning approaches to impute the missing data for the final analysis. For predictive model development, we will use multiple logistic regression analyses to construct the model. We aim to recruit a minimum of 1317 patients for model development and validation. We will then externally validate the model on an independent dataset of 1400 patients. The model will also be applied for multiple different datasets to assess both its performance in different patient groups and its applicability for different methods of data collection. RESULTS: As of May 10, 2021, we have recruited 3732 patients. A further 2088 patients have been recruited through the National Health Service Clinical Assessment Service, and approximately 5000 patients have been recruited through the DoctalyHealth platform. CONCLUSIONS: The methodology for the development of the RECAP-V1 prediction model as well as the risk score will provide clinicians with a statistically robust tool to help prioritize COVID-19 patients. TRIAL REGISTRATION: ClinicalTrials.gov NCT04435041; https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04435041. INTERNATIONAL REGISTERED REPORT IDENTIFIER (IRRID): DERR1-10.2196/30083.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,172 | 0,152 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,006 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,004 |
| Communication savante | 0,004 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,009 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,071 | 0,018 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».