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Enregistrement W3196808165 · doi:10.1101/2021.09.06.459184

High-throughput small molecule screen identifies inhibitors of microsporidia invasion and proliferation in <i>C. elegans</i>

2021· preprint· en· W3196808165 sur OpenAlexafffund
Brandon M. Murareanu, Noelle V. Antao, Winnie Zhao, Aurore Dubuffet, Hicham El Alaoui, Jessica Knox, Damian C. Ekiert, Gira Bhabha, Peter J. Roy

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics, Aging, and Longevity in Model Organisms
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of Health
Mots-clésMicrosporidiaBiologyCaenorhabditis elegansObligateIntracellular parasiteIntracellularComputational biologyMicrobiologySporeGeneticsGeneEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Microsporidia are a diverse group of fungal-related obligate intracellular parasites that infect most animal phyla. Despite the emerging threat that microsporidia have become to humans and agricultural animals, few reliable treatment options exist. To identify novel chemical inhibitors of microsporidia infection, we developed a high-throughput screening method using Caenorhabditis elegans and the microsporidia species Nematocida parisii. We screened the Spectrum Collection of 2,560 FDA-approved compounds and natural products to identify compounds that prevent C. elegans progeny inhibition caused by N. parisii infection. We developed a semi-automated method for quantifying C. elegans progeny number in liquid culture, confirming 11 candidate microsporidia inhibitors. We show that five compounds prevent microsporidia infection by inhibiting spore firing, and demonstrate that one compound, dexrazoxane, slows infection progression. We also show that these compounds have activity against several other microsporidia species, including those which infect humans. Together, our results demonstrate the effectiveness of C. elegans as a model host for drug discovery against intracellular pathogens and provide a scalable high-throughput system for the identification and characterization of additional microsporidia inhibitors.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,197
Écart entre enseignants0,188 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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