1447Gastric histopathology by Helicobacter pylori cagA status in Arctic Canada
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Our community-driven projects address concerns of Canadian Arctic Indigenous communities about Helicobacter pylori (Hp) infection, responsible for elevated gastric cancer mortality in the region. Community research partners wished to learn whether bacterial characteristics determine severity of Hp-related disease in their communities. We aimed to describe gastric histopathology by cagA genotype of Hp isolated from residents of 7 Indigenous communities in the Northwest Territories and Yukon. Methods Participants underwent gastroscopy with 5-6 biopsies taken for histopathological assessment and 2 biopsies taken for tissue culture during 2008-2017. We used multiple PCR reactions and DNA sequence analysis to classify Hp genotypes as cagA+ or cagA-. A single pathologist used the updated Sydney classification system to grade severity of 5 gastric pathology outcomes: Hp density; chronic gastritis; active gastritis; atrophy; and intestinal metaplasia. We estimated prevalence of each outcome with 95% confidence intervals (CI) by gastric subsite and cagA status. Results Of 262 Hp isolates assessed, 142 (54%) were cagA+. Prevalence of moderate-high Hp density, severe chronic gastritis, moderate-severe active gastritis, atrophy, and metaplasia were (%[CI]): respectively, 78[70-85], 44[36-53], 65[56-72], 55[46-63], 25[18-33] in cagA+ participants and 61[52-70], 35[27-44], 31[23-40], 32[23-41], 8[4-15] in cagA- participants. cagA+ participants had higher prevalence of all outcomes in antrum and corpus. Conclusion Hp-infected Indigenous residents of Arctic Canada who harbored cagA-positive strains had higher prevalence of more severe gastric pathology than those with cagA-negative strains. Key messages Community-driven research answers questions posed by those who bear the disease burden.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».