Conserved envelope protein of nCoV2 as the possible target to design polytope vaccine
Notice bibliographique
Résumé
Aim: The envelope protein of novel coronavirus 2 (nCoV2) was reported to be highly conserved compared to its spike (S) protein which was shown to undergo several alterations in their amino acid sequences in the span of one year (2020–2021). Therefore, it is aimed to consider highly conserved structural protein of nCov2 namely envelope (E) protein to design the polytope for the formulation of the vaccine against coronavirus disease 2019 (Covid-19). Methods: Online in silico tools were employed to decipher the conservancy and antigenicity of E-protein of nCoV2. They are: to evaluate the molecular affinities among the chosen representatives of alpha and beta coronaviruses, the Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) X 10.1.1 was used. Immune Epitope Database (IEDB)-NetMHCpan (ver. 4.1) tool was used to predict the epitopes of E protein binding to the frequently distributed major histocompatibility complex (MHC) I alleles. ProtParam, VaxJen, ToxinPred and AllerTop online tools were used to assess the physicochemical features, antigenicity, non-toxin and non-allergen aspects of constructed polytope. Secondary structure analysis and homology modelling validation of polytope were done using Phyre2 online tool. Discontinuous and linear epitopes of the designed polytope were predicted through IEDB Ellipro tool. Population coverage of epitopes of the polytope was performed using IEDB online tool with the frequent distribution of human leukocyte antigen (HLA) I alleles in the South Indian Asian population. Results: The phylogeny of envelope proteins of chosen representatives of Coronaviridae confirmed its conservancy and possible origin of nCoV2 from alpha coronaviruses through vampire CoV2. The designed polytope of E-protein was with 53 amino acid residues. The same was developed by linking with cysteine and serine (CS) residues in between epitopes. Conclusion: The antigenicity, non-allergen, non-toxin, homology modelling, discontinuous and linear epitopes of the designed polytope authenticate to explore the envelope protein for prophylactic measures. The epitopes of polytope were found to restrict to MHC I alleles occurring frequently among South Indian Asians.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».