Efficiency of a genetic test to detect benzimidazole-resistant Haemonchus contortus nematodes on sheep farms in Quebec
Notice bibliographique
Résumé
Benzimidazole-based drugs have been used to treat Haemonchus contortus and other gastrointestinal nematode infestations in sheep. However, numerous cases of benzimidazole-resistance in H. contortus have been reported worldwide. The fecal egg count reduction test (FECRT), which consists of comparing parasite egg counts in feces before and after treatment, is a technique commonly used to assess anthelmintic resistance. Unfortunately, this method is not very sensitive and is dependent on factors that can distort the results. Veterinarians and farmers have been seeking a method for detection of anthelmintic resistance which would be faster and cheaper than the FECRT, and used prior to anthelmintic treatment. Mutations called single nucleotide polymorphisms (SNP) on the a-tubulin isotype 1 gene of H. contortus have been associated with benzimidazole resistance. These mutations are located at positions 200 (a TTC codon in susceptible parasites and a TAC codon in resistant ones), 167 (TTC for susceptible parasites and TAC for resistant parasites), and 198 (GAA for susceptible parasites and GCA for resistant parasites). A molecular method that uses pyrosequencing has been developed to measure the frequency of the resistant allele of these three markers of benzimidazole resistance. The female nematode releases eggs, which are shed through the feces of the sheep. We can apply the pyrosequencing protocol on nematode eggs isolated from sheep feces to assess the benzimidazole resistance of the adult nematodes that colonize the host's abomasum.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».