Genome-Wide Association Study of Seed Folate Content in Common Bean
Notice bibliographique
Résumé
Plant-derived folates (Vitamin B 9 ) are essential components of the human diet. They provide one-carbon units that are required for the synthesis of nucleic acids and proteins, and folate deficiency is associated with numerous adverse health conditions. The development of high-folate cultivars of common bean ( Phaseolus vulgaris L.) and other staple crops is an important tool to combat folate deficiency. A population of 96 P. vulgaris accessions, representing major North American market classes, was grown in 2 years in Ontario, Canada. The population was genotyped for 5,361 molecular markers with an Illumina Infinium platform. Total folate was extracted from mature seeds using the tri-enzyme extraction method and quantified based on a microbiological assay with Lactobacillus rhamnosus . Significant genetic diversity for folate content was observed among the population in both years of study, and folate content had a range 113–222 μg per 100 g of seeds. Quantitative trait loci (QTL) for seed folate content were identified based on a genome-wide association study (GWAS). Six QTL were identified on Chr. 4, 6, 8, and 11, with three in each year of field trials. Both QTL on Chr. 11 occurred in genomic regions that were syntenic to seed folate QTL detected in previous work with P. vulgaris , Z. mays , and O. sativa . Candidate genes were identified for these QTL that might be targets for the development of molecular markers for selecting P. vulgaris cultivars with improved seed folate content. This work reports the largest survey of genetic diversity for seed folate content in P. vulgaris and identified several genotypes, including SCN4, Bat 93, OAC Redstar, and Pompadour 1014, that would be useful for breeding beans with higher than average folate levels.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».