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Enregistrement W3198451447 · doi:10.3390/genes12091352

Extended Phenotyping and Functional Validation Facilitate Diagnosis of a Complex Patient Harboring Genetic Variants in MCCC1 and GNB5 Causing Overlapping Phenotypes

2021· article· en· W3198451447 sur OpenAlexafffund
Zhuo Shao, Ikuo Masuho, Anupreet Tumber, Jason T. Maynes, Erika Tavares, Asim Ali, Stacy Hewson, Andreas Schulze, Pekka Kannus, Kirill A. Martemyanov, Ajoy Vincent

Notice bibliographique

RevueGenes · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensUniversity of AlbertaUniversity of TorontoHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesFoundation Fighting BlindnessRare Disease FoundationBC Children’s Hospital Foundation
Mots-clésMissense mutationProbandExome sequencingPhenotypeBiologyNewborn screeningGeneticsMedical geneticsCompound heterozygosityGenetic testingMutationGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Identifying multiple ultra-rare genetic syndromes with overlapping phenotypes is a diagnostic conundrum in clinical genetics. This study investigated the pathogenicity of a homozygous missense variant in GNB5 (GNB5L; NM_016194.4: c.920T > G (p. Leu307Arg); GNB5S; NM_006578.4: c.794T > G (p. Leu265Arg)) identified through exome sequencing in a female child who also had 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase (3-MCC) deficiency (newborn screening positive) and hemoglobin E trait. The proband presented with early-onset intellectual disability, the severity of which was more in keeping with GNB5-related disorder than 3-MCC deficiency. She later developed bradycardia and cardiac arrest, and upon re-phenotyping showed cone photo-transduction recovery deficit, all known only to GNB5-related disorders. Patient-derived fibroblast assays showed preserved GNB5S expression, but bioluminescence resonance energy transfer assay showed abolished function of the variant reconstituted Gβ5S containing RGS complexes for deactivation of D2 dopamine receptor activity, confirming variant pathogenicity. This study highlights the need for precise phenotyping and functional assays to facilitate variant classification and clinical diagnosis in patients with complex medical conditions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,823
Score d'incertitude au seuil0,414

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,230
Écart entre enseignants0,204 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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