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Enregistrement W3198806124 · doi:10.1021/acs.est.1c01418

Novel Bayesian Method to Derive Final Adjusted Values of Physicochemical Properties: Application to 74 Compounds

2021· article· en· W3198806124 sur OpenAlexafffund
Timothy F. M. Rodgers, Joseph O. Okeme, J. Mark Parnis, Kyle Girdhari, Terry F. Bidleman, Yuchao Wan, Liisa M. Jantunen, Miriam L. Diamond

Notice bibliographique

RevueEnvironmental Science & Technology · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensThe Scarborough HospitalTrent UniversityOccupational Cancer Research CentreCancer Care OntarioEnvironment and Climate Change CanadaUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaSveriges RegeringUniversity of Toronto
Mots-clésIn silicoWorkflowBayesian probabilityComputer scienceConsistency (knowledge bases)Benchmark (surveying)HeteroscedasticityData miningBayes' theoremChemistryMachine learningArtificial intelligenceDatabase

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Accurate values of physicochemical properties are essential for screening semivolatile organic compounds for human and environmental hazard and risk. In silico approaches for estimation are widely used, but the accuracy of these and measured values can be difficult to ascertain. Final adjusted values (FAVs) harmonize literature-reported measurements to ensure consistency and minimize uncertainty. We propose a workflow, including a novel Bayesian approach, for estimating FAVs that combines measurements using direct and indirect methods and in silico values. The workflow was applied to 74 compounds across nine classes to generate recommended FAVs (FAV R s). Estimates generated by in silico methods (OPERA, COSMOtherm, EPI Suite, SPARC, and polyparameter linear free energy relationships (pp-LFER) models) differed by orders of magnitude for some properties and compounds and performed systematically worse for larger, more polar compounds. COSMOtherm and OPERA generally performed well with low bias although no single in silico method performed best across all compound classes and properties. Indirect measurement methods produced highly accurate and precise estimates compared with direct measurement methods. Our Bayesian method harmonized measured and in silico estimated physicochemical properties without introducing observable biases. We thus recommend use of the FAV R s presented here and that the proposed Bayesian workflow be used to generate FAV R s for SVOCs beyond those in this study.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,015
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,026

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,015
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,289
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations19
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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