Mapping clubroot resistance of <i>Brassica rapa</i> introgressed into <i>Brassica napus</i> and development of molecular markers for the resistance
Notice bibliographique
Résumé
Abstract To date, more than 20 clubroot resistance (CR) loci have been reported in the A‐genome of Brassica rapa; however, only a few of them has been introgressed into B. napus canola. The introgression of additional CR loci will broaden the genetic base of resistance of this crop. In this paper, we report the genetic basis of CR of B. rapa var. pekinensis cultivar ‘Bilko’ introgressed into B. napus, mapping this resistance using a recombinant inbred line (RIL) population developed from B. napus × Bilko‐CR interspecific cross. Evaluation of the F2 and F3 populations of Bilko revealed that a single gene controls resistance to pathotype 3 in this cultivar. Quantitative trait loci‐seq approach using whole‐genome resequencing identified a genomic region of chromosome A03 associated with this resistance in the RIL population. Single nucleotide polymorphism (SNP)‐based allele‐specific markers from the TIR‐NB‐LRR (TNL) gene Bra012688 co‐segregated with this resistance, however, with 0.4–0.8% recombination. Bra012688 is located at 23,877,250–23,883,169 bp of B. rapa cultivar Chiifu‐401 whole‐genome assembly v.3.0, and at 378 bp downstream of another TNL gene Bra012689. Molecular markers, linked to previously reported CR loci of A03, did not co‐segregate with the resistance in the RIL population; this demonstrates the need for the development of new markers for the CR loci following introgression into the recipient species. The knowledge and the SNP allele‐specific markers developed in this study could be used in breeding for clubroot resistance in B. napus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».