P307 FMT-associated alterations in the TCR repertoire of patients with severe or fulminant clostridioides difficile infection
Notice bibliographique
Résumé
Introduction The adaptive immune system is important in modulating disease outcomes in Clostridioides difficile infection (CDI). Herein, we sought to characterize the TCRα and TCRβ repertoire in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) pre- and post-sequential Faecal Transplantation (FMT) for the treatment of patients with severe or fulminant CDI. Methods Three patients were included in the study: 1 patient had fulminant CDI with shock while 2 patients had severe CDI. Each cycle of treatment consisted of daily FMT by enema for 3 days plus fidaxomicin 200 mg PO BID for 7–10 days. Samples were collected every 5 days over a period of 4 weeks, then at 6 weeks. Two patients had resolution of diarrhoea 2 weeks following 2 treatment cycles. Two different FMT donor samples were also analysed. Total RNA isolated from PBMCs was used for TCR library preparation using unique molecular identifiers (UMIs). Samples underwent targeted cDNA synthesis, using primers for the constant region of TCRα and TCRβ chains. Libraries were sequenced on Illumina NovaSeq6000. Data pre-processing was conducted using the MIGEC and MIXCR software. We analysed repertoire clonality over time and temporal clonal abundance trajectories of specific TCRs during treatment. Results The 2 FMT donors displayed lower clonality compared to all 3 CDI patients. Both treatment responders exhibited stable clonality profiles over time. In the non-responder (fulminant CDI), clonality was much higher pre-FMT and drastically decreased following the first cycle of FMT when diarrhoea resolved transiently. However, following TCR clustering based on temporal trajectories, a significant increase in relative abundance of specific clonotypes was observed at the end of FMT cycle 2 when CDI recurred. Temporal clustering analyses also revealed clonotypes which strongly decreased or increased over time in concomitance with positive response to FMT, suggesting an association with CDI progression and remission. Conclusions This is the first attempt to assess the potential of TCR repertoire profiling as a prognostic tool for assessing clinical outcomes of FMT in severe or fulminant CDI and of evaluating the role that specific T cell clonotypes may play in mediating FMT efficacy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».