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Enregistrement W3198979951 · doi:10.1016/j.biopha.2021.112195

Novel variant in glycophorin c gene protects against ribavirin-induced anemia during chronic hepatitis C treatment

2021· article· en· W3198979951 sur OpenAlexafffund
Jennifer J. Lin, Catrina M. Loucks, Jessica N. Trueman, Britt I. Drögemöller, Galen E.B. Wright, Eric M. Yoshida, Jo‐Ann Ford, Samuel S. Lee, Richard B. Kim, Bandar Al‐Judaibi, Ute I. Schwarz, Alnoor Ramji, Edward Tam, Colin J.D. Ross, Bruce Carleton

Notice bibliographique

RevueBiomedicine & Pharmacotherapy · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueHepatitis C virus research
Établissements canadiensUniversity of CalgaryWestern UniversityUniversity of ManitobaUniversity of British ColumbiaBC Children's Hospital
Organismes subventionnairesMichael Smith Health Research BCBC Children's HospitalGenome British ColumbiaProvincial Health Services AuthorityBC Children’s Hospital FoundationCanadian Institutes of Health ResearchGenome Canada
Mots-clésRibavirinITPAAnemiaMedicineHepatitis CHemolytic anemiaInternal medicineGastroenterologySingle-nucleotide polymorphismImmunologyHepatitis C virusBiologyGenotypeGeneGeneticsVirus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The current use of ribavirin in difficult-to-cure chronic hepatitis C patients (HCV) and patients with severe respiratory infections is constrained by the issue of ribavirin-induced hemolytic anemia that affects 30% of treated patients, requiring dosage modification or discontinuation. Though some genetic variants have been identified predicting this adverse effect, known clinical and genetic factors do not entirely explain the risk of ribavirin-induced anemia. We assessed the associations of previously identified variants in inosine triphosphatase (ITPA), solute carrier 28A2 (SLC28A2) and vitamin D receptor (VDR) genes with ribavirin-induced anemia defined as hemoglobin decline of ≥30 g/L on treatment, followed by a staged discovery (n = 114), replication (n = 74), and combined (n = 188) genome-wide association study to uncover potential new predictive variants. We identified a novel association in the gene coding glycophorin C (rs6741425; OR:0.12, 95%CI:0.04–0.34, P = 2.94 × 10-6) that predicts protection against ribavirin-induced anemia. We also replicated the associations of ITPA and VDR genetic variants with the development of ribavirin-induced anemia (rs1127354; OR:0.13, 95%CI:0.04–0.41, P = 8.66 ×10-5; and rs1544410; OR:1.65, 95%CI:1.01–2.70, P = 0.0437). GYPC variation affecting erythrocyte membrane strength is important in predicting risk for developing ribavirin-induced anemia. ITPA and VDR genetic variants are also important predictors of this adverse reaction.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,043
Tête enseignante GPT0,353
Écart entre enseignants0,310 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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