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Enregistrement W3199137400 · doi:10.3390/pathogens10091208

Evaluation of Inhibitory Activity In Silico of In-House Thiomorpholine Compounds between the ACE2 Receptor and S1 Subunit of SARS-CoV-2 Spike

2021· article· en· W3199137400 sur OpenAlexafffund
Víctor Hugo Vázquez‐Valadez, Alejandro Manuel Hernández-Serda, Ma. Fernanda Jiménez-Cabiedes, Pablo Aguirre-Vidal, Ingrid González-Tapia, Laura Carreño-Vargas, Yoshio Aldo Alarcón-López, Andrea Espejel-Fuentes, Pablo A. Martínez‐Soriano, Miguel Lugo Álvarez, Ana María Velázquez‐Sánchez, Nathan M. Markarian, Enrique Ángeles, Levon Abrahamyan

Notice bibliographique

RevuePathogens · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaUniversidad Nacional Autónoma de México
Mots-clésSpike ProteinIn silicoCoronavirus disease 2019 (COVID-19)Spike (software development)Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)CoronavirusProtein subunitInhibitory postsynaptic potentialReceptor2019-20 coronavirus outbreakAngiotensin-converting enzyme 2PharmacologyVirologyComputational biologyChemistryBiologyMedicineBiochemistryNeuroscienceComputer scienceInfectious disease (medical specialty)DiseaseInternal medicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

At the end of 2019, the world was struck by the COVID-19 pandemic, which resulted in dire repercussions of unimaginable proportions. From the beginning, the international scientific community employed several strategies to tackle the spread of this disease. Most notably, these consisted of the development of a COVID-19 vaccine and the discovery of antiviral agents through the repositioning of already known drugs with methods such as de novo design. Previously, methylthiomorphic compounds, designed by our group as antihypertensive agents, have been shown to display an affinity with the ACE2 (angiotensin converting enzyme) receptor, a key mechanism required for SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) entry into target cells. Therefore, the objective of this work consists of evaluating, in silico, the inhibitory activity of these compounds between the ACE2 receptor and the S1 subunit of the SARS-CoV-2 spike protein. Supported by the advances of different research groups on the structure of the coronavirus spike and the interaction of the latter with its receptor, ACE2, we carried out a computational study that examined the effect of in-house designed compounds on the inhibition of said interaction. Our results indicate that the polyphenol LQM322 is one of the candidates that should be considered as a possible anti-COVID-19 agent.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,097
Tête enseignante GPT0,356
Écart entre enseignants0,259 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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